Năm 2013, ngành Thuế đã thực hiện 67 cuộc thanh tra tại các doanh nghiệp (DN), đạt 100% kế hoạch và đã hoàn thành hồ sơ, ban hành kết luận, quyết định xử lý 67 đơn vị. Tổng số tiền thuế phát hiện, tiền phạt qua thanh tra là 9.370 triệu đồng, tăng 18,5% so với cùng kỳ. Số truy thu, truy hoàn và tiền phạt phải nộp ngân sách nhà nước là 8.434 triệu đồng và số tiền đã nộp vào ngân sách nhà nước là 6.831 triệu đồng. Về kiểm tra, năm qua đã thực hiện kiểm tra trên 468 DN, đạt 131% kế hoạch được giao. Số tiền phát hiện qua kiểm tra là 13.135 triệu đồng, số tiền truy thu, truy hoàn, tiền phạt là 11.001 triệu đồng và số tiền đã nộp vào ngân sách là 8.718 triệu đồng.

Như vậy, qua thanh, kiểm tra tổng số tiền đã phát hiện là 22.888 triệu đồng, trong đó số phải truy thu truy hoàn và tiền phạt là 19.818 triệu đồng và số đã nộp vào ngân sách nhà nước 15.933 triệu đồng, đạt tỷ lệ 80%. Đây là số tiền khá lớn đối với một địa phương có số thu không quá dồi dào và điều quan trọng nữa là đã chỉ rõ những hành vi vi phạm của các DN để có biện pháp uốn nắn và rút ra những kỹ năng, kinh nghiệm cho công tác thanh tra, kiểm tra. Về thuế giá trị gia tăng, các hành vi thường gặp là khai thiếu thuế giá trị gia tăng đầu ra do khai thiếu doanh thu bán hàng.

Nhiều trường hợp không xuất hoá đơn khi bán hàng, dịch vụ hoặc ghi giá trị trên hoá đơn thấp hơn giá trị thanh toán thực tế của hàng hoá, dịch vụ đã bán. Có trường hợp lại khai chậm doanh thu bán hàng và cung ứng dịch vụ làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế phải hoàn. Một số DN lại hạch toán chung nhiều vật tư, hàng hoá khi nhập- xuất nhằm làm cho cơ quan chức năng khó kiểm tra, kiểm soát đúng số lượng hàng tồn cũng như giá cả bán ra để kê khai giảm số thuế phải nộp...

Đối với thuế thu nhập DN các hành vi thường gặp là hạch toán chi phí lãi vay vào chi phí trước thuế thu nhập DN đối với lãi tiền vay để góp vốn điều lệ còn thiếu đăng ký trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh; khai chậm, khai thiếu doanh thu, thu nhập từ hoạt động tài chính, thu nhập khác. Rồi chi phí tiền công, tiền lương không có đầy đủ chứng từ theo quy định... Các loại thuế khác cũng có khá nhiều hành vi, vi phạm trong trốn thuế, gian lận thuế khá tinh vi khác.

Qua thanh tra, kiểm tra lãnh đạo  Cục Thuế Tỉnh cũng đã có những vấn đề kiến nghị lên cấp có thẩm quyền để tìm hướng giải quyết: Tổng cục Thuế nên chỉ đạo các Cục Thuế các tỉnh xác minh trả lời kịp thời khi có đề nghị xác minh hoá đơn vì đây là vấn đề thường gặp trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế. Bên cạnh tổ chức các lớp tập huấn nghiệp vụ, kỹ năng và kinh nghiệm cho đội ngũ thanh tra, kiểm tra thì về thời gian chuyển đổi vị trí công tác; Tổng cục Thuế cũng nên nghiên cứu kéo dài hơn những bộ phận khác để cán bộ thanh tra, kiểm tra có thời gian tích luỹ kinh nghiệm, kỹ năng thực hành công vụ...

Nhìn lại công tác thanh tra, kiểm tra, bên cạnh những kết quả đạt được vẫn còn không ít những mặt tồn tại, hạn chế. Đó là về số lượng cuộc kiểm tra thực hiện vượt kế hoạch nhưng bình quân số tiền phát hiện trên một đơn vị được kiểm tra thấp hơn năm trước (năm 2013 là 28 triệu đồng/ đơn vị, còn năm 2012 là 30,8 triệu đồng). Một vấn đề nữa là sau thanh tra, kiểm tra đã tích cực đôn đốc xử lý công nợ nhưng số tiền nộp vào ngân sách chỉ mới đạt khoảng 80% số tiền mà DN phải nộp.

Năm 2014, Cục Thuế  Quảng Bình đã xây dựng kế hoạch thanh, kiểm tra. Theo đó về cấp cục, số lượng đơn vị thanh tra là 60, kiểm tra là 80; kiểm tra cấp chi cục là 375 đơn vị. Chỉ tiêu phấn đấu của toàn ngành là hoàn thành 100% kế hoạch; thực hiện đôn đốc số thuế truy thu, truy hoàn và tiền phạt nộp ngân sách phải trên 80%.