Thông tư có ban hành kèm theo Biểu các loại phí cụ thể.

Trong đó, tại SGDCK, phí quản lý thành viên giao dịch là 20 triệu đồng/năm; phí đăng ký niêm yết lần đầu là 10 triệu đồng; phí thay đổi đăng ký niêm yết là 5 triệu đồng/lần; phí quản lý niêm yết với cổ phiếu được tính dựa vào giá trị niêm yết theo mệnh giá; phí kết nối trực tuyến lần đầu là 150 triệu đồng/thành viên; phí duy trì kết nối định kỳ là 50 triệu đồng/thành viên/năm; phí sử dụng thiết bị đầu cuối là 20 triệu đồng/năm.

Phí giao dịch thông thường đối với cổ phiếu, chứng chỉ quỹ đầu tư niêm yết (không bao gồm ETF) là 0,03% giá trị giao dịch; với ETF niêm yết là 0,02% giá trị giao dịch; đối với trái phiếu là 0,0075% giá trị giao dịch, đối với cổ phiếu, chứng chỉ quỹ đăng ký giao dịch (UPCOM) là 0,02% giá trị giao dịch.

Phí giao dịch mua bán lại (giao dịch repo) trái phiếukỳ hạn đến 2 ngày là 0,0005% giá trị giao dịch; kỳ hạn 3 đến 14 ngày là 0,004% giá trị giao dịch; kỳ hạn trên 14 ngày là 0,0075% giá trị giao dịch.

Tương tự, các khoản phí áp dụng tại VSD như sau: Phí quản lý thành viên lưu ký 20 triệu đồng/năm; phí đăng ký chứng khoán lần đầu từ 10 đến 20 triệu đồng tùy theo giá trị đăng ký chứng khoán; phí chuyển khoản chứng khoán giữa các tài khoản của nhà đầu tư tại các thành viên lưu ký khác nhau0,5 đồng/1 chứng khoán/1 lần chuyển khoản/1 mã chứng khoán (tối đa không quá 500.000 đồng/1 chứng khoán/1 lần/1 mã chứng khoán).

Cùng với mức phí, Bộ Tài chính cũng quy định rõ công thức xác định số phí phải nộp đối với từng khoản phí cụ thể.

Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 10/6/2016 và thay thế Thông tư số 27/2010/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu nộp, quản lý và sử dụng phí hoạt động chứng khoán áp dụng tại SGDCK, VSD và Thông tư số 02/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư số 27.