Đối với trường hợp người nộp thuế có số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết 12 tháng liên tục trong giai đoạn chuyển tiếp của Luật số 106/2016/QH13 và khai bổ sung hoàn thuế giá trị gia tăng trên hồ sơ khai thuế, sau khi báo cáo Bộ Tài chính, ngày 6/2/2017, Tổng cục Thuế đã có Công văn số 373/TCT-KK hướng dẫn về việc hoàn thuế giá trị gia tăng, theo đó:

“Trường hợp tại hồ sơ khai thuế kỳ tính thuế tháng 6/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc kỳ tính thuế quý II/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý), cơ sở kinh doanh không đề nghị hoàn số thuế giá trị gia tăng đầu vào lũy kế chưa khấu trừ hết, đồng thời đã kê khai khấu trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp của kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc kỳ tính thuế quý III/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì không được hoàn thuế. Cơ sở kinh doanh được bù trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp của các kỳ tiếp theo.

Đối với trường hợp hoàn thuế của Xí nghiệp tư doanh thương mại Bá Thành, ngày 16/3/2017 Tổng cục Thuế đã có Công văn số 907/TCT-KK gửi Cục Thuế tỉnh Đắk Lắk về việc hoàn thuế giá trị gia tăng. Đề nghị Cục Thuế tỉnh Đắk Lắk hướng dẫn Xí nghiệp tư doanh thương mại Bá Thàn thực hiện theo quy định.