Thông tư 22 đưa ra quy định mới đối với hàng hóa vận chuyển chịu sự giám sát hải quan, để phù hợp với tính năng của Hệ thống VNACCS/VCIS. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa vận chuyển chịu sự giám sát hải quan bao gồm: Các trường hợp vận chuyển bảo thuế (Hàng chuyển cửa khẩu; chuyển cảng; quá cảnh; hàng hóa vận chuyển từ cửa khẩu đến kho ngoại quan/CFS/kho bảo thuế/các khu phi thuế quan và ngược lại; hàng hóa vận chuyển giữa các khu phi thuế quan; hàng hóa vận chuyển từ địa điểm làm thủ tục hải quan này đến địa điểm làm thủ tục hải quan khác); thủ tục hải quan đối với hàng hóa vận chuyển bảo thuế; tờ khai hải quan vận chuyển bảo thuế (gồm 2 luồng- luồng Xanh và luồng Vàng). Hàng hóa làm thủ tục xuất nhập khẩu đồng thời với vận chuyển bảo thuế thì được áp dụng chế độ khai báo kết hợp, không phải làm thủ tục hải quan vận chuyển bảo thuế.

Điện tử hóa giấy tờ

So với quy định tại Thông tư 196/2013/TT-BTC, Thông tư 22/2014/TT-BTC đưa ra quy định mới về việc doanh nghiệp không phải in tờ khai hải quan. Theo đó, trong quá trình làm thủ tục hải quan, người khai hải quan không phải in tờ khai hải quan điện tử. Cơ quan Hải quan không xác nhận trên tờ khai hải quan điện tử in của doanh nghiệp.

Trường hợp các cơ quan quản lí Nhà nước cần xác nhận thông tin tờ khai hải quan thì sẽ được cấp tài khoản truy cập hệ thống VNACCS để tra cứu thông tin. Người khai hải quan tự lưu giữ chứng từ thuộc hồ sơ hải quan (bản giấy và điện tử) nhằm phục vụ thuận lợi cho công tác kiểm tra sau thông quan của cơ quan Hải quan.

Đây là quy định mang lại nhiều thuận lợi cho doanh nghiệp bởi Hệ thống VNACCS/VCIS hỗ trợ người khai hải quan khai theo các chỉ tiêu thông tin (quy định tại Phụ lục II kèm theo Thông tư này) nhằm nâng cao vai trò điện tử hóa trong quá trình làm TTHQĐT, giảm thiểu chứng từ giấy cho doanh nghiệp. Đồng thời hệ thống cho phép cơ quan chức năng tra cứu thông tin trên hệ thống (khi cần thiết).

Hạn chế sai sót

Một quy định mới trong Thông tư 22 là yêu cầu bắt buộc về sử dụng chữ kí số trong thực hiện TTHQĐT (hiện nay doanh nghiệp có thể sử dụng chữ kí số hoặc tài khoản để khai báo TTHQĐT). Điều này giúp nâng cao tính bảo mật thông tin, tính chống chối bỏ (trong trường hợp có tranh cãi về nội dung khai báo giữa cơ  quan Hải quan và doanh nghiệp), đảm bảo sự toàn vẹn của dữ liệu của doanh nghiệp khi truyền đến cơ quan Hải quan...

Khi tham gia Hệ thống VNACCS/VCIS, người khai hải quan phải đăng kí tham gia kết nối với hệ thống xử lí dữ liệu điện tử hải quan để được cấp tài khoản truy cập và các thông tin kết nối tới hệ thống. Khi có thay đổi, bổ sung thông tin đăng kí, người khai hải quan phải thông báo kịp thời tới cơ quan Hải quan. Quy định này được đưa ra để phù hợp với lộ trình và các điều kiện để kết nối Cơ chế một cửa ASEAN. Đây là một bước tiến mới trong hiện thực hóa quyết tâm cải cách thủ tục hành chính của ngành Hải quan.

Khác với Thông tư 196, theo thiết kế của Hệ thống VNACCS/VCIS, người khai hải quan phải đăng kí trước thông tin hàng hóa xuất nhập khẩu trước khi khai hải quan. Việc đăng kí trước thông tin là giao dịch bắt buộc nhằm tăng tính chính xác trong khai báo hải quan. Tại khâu nghiệp vụ này, người khai thực hiện việc khai các thông tin trong đó có thông tin phục vụ cho việc tính thuế. Hệ thống VNACCS/VCIS tự động tính thuế. Do vậy, Thông tư đưa ra quy định này để pháp lí hóa các khâu này và quy định trách nhiệm của người khai phải kiểm tra và chịu trách nhiệm về số thuế khai báo theo nguyên tắc tự tính, tự nộp (hệ thống chỉ hỗ trợ tính toán).