Theo Quyết định số 15/2021/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, cơ cấu cơ quan của Tổng cục Thuế ở Trung ương gồm 17 đơn vị bao gồm: 15 tổ chức hành chính là các vụ, cục, đơn vị có nhiệm vụ giúp Tổng Cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước và 02 đơn vị sự nghiệp.

Cụ thể, 15 tổ chức hành chính là: Văn phòng; Vụ Chính sách; Vụ Pháp chế; Vụ Dự toán thu thuế; Vụ Tuyên truyền - Hỗ trợ người nộp thuế; Vụ Kê khai và Kế toán thuế; Vụ Quản lý nợ và Cưỡng chế nợ thuế; Vụ Quản lý thuế Doanh nghiệp nhỏ và vừa và Hộ kinh doanh, cá nhân; Vụ Hợp tác Quốc tế; Cục Thanh tra - Kiểm tra thuế; Cục Thuế doanh nghiệp lớn; Cục Kiểm tra nội bộ; Giải quyết khiếu nại, tố cáo và Phòng chống tham nhũng; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Tài vụ - Quản trị; Cục Công nghệ Thông tin. 02 đơn vị sự nghiệp là: Trường Nghiệp vụ Thuế; Tạp chí Thuế.

Trong đó, Thủ tướng Chính phủ quyết định chuyển 3 đơn vị thuộc Tổng cục Thuế từ Vụ thành Cục gồm: Cục Thanh tra - Kiểm tra thuế, Cục Thuế doanh nghiệp lớn và Cục Kiểm tra nội bộ, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng chống tham nhũng. 

Việc thành lập phòng thuộc Văn phòng và phòng thuộc Cục trực thuộc Tổng cục Thuế phải đáp ứng các tiêu chí quy định tại Nghị định số 101/2020/NĐ-CP ngày 28/8/2020 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 123/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ.