Theo Tổng cục Thuế, trong quá trình xây dựng Đề án thành lập chi cục thuế khu vực, các cục thuế đã căn cứ vào Quyết định số 503/QĐ-TCT quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của các chi cục thuế để xác định mô hình tổ chức bộ máy chi cục thuế.

Tuy nhiên, qua rà soát, Tổng cục Thuế nhận thấy việc xác định mô hình cơ cấu tổ chức bộ máy của các cục thuế còn một số bất cập, chưa thực sự hợp lý. Vì vậy, khi các chi cục thuế khu vực được thành lập, bộ máy tổ chức sẽ được cơ cấu như sau:

Thứ nhất, đối với chi cục thuế có số thu dự kiến năm 2018 (trừ dầu, trừ đất) dưới 1.000 tỷ đồng thì được xác định mô hình cơ cấu tổ chức bộ máy gồm các Đội: Tuyên truyền - hỗ trợ người nộp thuế; Kê khai - kế toán thuế và tin học; Quản lý nợ và Cưỡng chế nợ thuế; Tổng hợp nghiệp vụ - dự toán; Trước bạ và thu khác (bao gồm cả thu nhập cá nhân); Hành chính - nhân sự - tài vụ - ấn chỉ; Kiểm tra thuế; Một số Đội thuế liên xã, phường; Kiểm tra nội bộ.

Thứ hai, đối với chi cục thuế khu vực không có Đội Kiểm tra nội bộ thì giao Đội Kiểm tra thuế thực hiện chức năng, nhiệm vụ của Đội Kiểm tra nội bộ. Số lượng công chức có mặt bình quân (không kể công chức giữ chức vụ lãnh đạo) của một Đội thuế phải đảm bảo tối thiểu 4 công chức.

Thứ ba, riêng đối với chi cục thuế khu vực có số thu dự kiến năm 2018 (trừ dầu, trừ đất) từ 1.000 tỷ đồng trở lên, quản lý từ 5.000 doanh nghiệp trở lên, Tổng cục Thuế giao Cục trưởng Cục Thuế tỉnh, thành phố xem xét quyết định cho phù hợp thực tế quản lý. Với những chi cục thuế khu vực này, số lượng công chức có mặt bình quân (không kể công chức giữ chức vụ lãnh đạo) của một Đội thuế phải đảm bảo tối thiểu 7 công chức trở lên.

Thứ tư, đối với chi cục thuế khu vực tại địa bàn miền núi có quy mô nhỏ, số thu dự kiến năm 2018 (trừ dầu, trừ đất) dưới 200 tỷ đồng/năm, Cục trưởng Cục Thuế tỉnh, thành phố xem xét, quyết định cơ cấu số lượng Đội thuế ít hơn so với mô hình của những chi cục thuế khu vực có số thu dưới 1.000 tỷ đồng/năm, nhưng vẫn đảm bảo thực hiện đầy đủ các chức năng quản lý chủ yếu. 

Thứ năm, riêng tại địa bàn huyện nơi không đặt trụ sở, để tạo điều kiện thuận lợi cho người nộp thuế, Tổng cục Thuế giao cục thuế tổ chức một bộ phận tiếp nhận, giải quyết thủ tục hành chính theo cơ chế “một cửa” tại địa bàn huyện nơi không đóng trụ sở chính.