1. Về xác nhận, đóng dấu tờ khai giấy

Theo yêu cầu quản lí của các cơ quan quản lí chuyên ngành thì khi vận chuyển hàng hóa trên đường phải có tờ khai hải quan có xác nhận của cơ quan Hải quan và tờ khai hải quan dùng cho hoàn thuế tại cơ quan Thuế. Vì vậy, tờ khai hải quan điện tử sẽ phải thiết kế cho phép sử dụng cho cả 2 mục đích trên.

Đối với tờ khai luồng Vàng, luồng Đỏ, cơ quan Hải quan sẽ in và xác nhận trên tờ khai giấy tại nơi đăng kí tờ khai; Đối với tờ khai luồng Xanh, DN tự in và xuất trình tại khu vực giám sát (của cơ quan Hải quan), cơ quan Hải quan kiểm tra để xác nhận phục vụ cho mục đích vận chuyển trên đường và hoàn thuế tại cơ quan Thuế nội địa. Mẫu tờ khai in sẽ được thiết kế để đảm bảo những thông tin cần thiết cho việc hoàn thuế và vận chuyển trên đường.

2. Giới hạn tối đa 50 dòng hàng trên một tờ khai hải quan

Điểm a khoản 3 Điều 10 Thông tư 22/2014/TT-BTC quy định “Một tờ khai hải quan được khai tối đa 50 dòng hàng”. Quy định trên để đảm bảo hiệu năng hoạt động của Hệ thống VNACCS, tránh những rủi ro do nghẽn đường truyền gây ảnh hưởng đến thời gian thông quan của hàng hóa. Để giảm thiểu các chi phí phát sinh của DN, cơ quan Hải quan sẽ chỉ thu lệ phí cho tờ khai đầu tiên của lô hàng.

Một lô hàng có trên 50 dòng hàng được khai báo trên nhiều tờ khai, cơ quan Hải quan chỉ yêu cầu người khai xuất trình, nộp 1 bộ hồ sơ hải quan cho cả lô hàng khi tờ khai được phân luồng Vàng, luồng Đỏ. Người khai hải quan cũng chỉ phải lưu giữ 1 bộ hồ sơ tương ứng với các tờ khai đã khai báo.

3. Một tờ khai chỉ khai báo cho một hóa đơn

Điểm c khoản 3 Điều 10 Thông tư 22/2014/TT-BTC quy định “Một tờ khai chỉ khai báo cho một hóa đơn”. Đây là quy định mang tính hỗ trợ người khai hải quan trong việc tính toán trị giá tính thuế và tính tổng số thuế khi Hệ thống VNACCS căn cứ thông tin hóa đơn để tự động phân bổ trị giá tính thuế và tính thuế của từng dòng hàng trên tờ khai.

Tuy nhiên, loại hình chế xuất lại có đặc thù riêng: một mặt hàng có nhiều hợp đồng/đơn hàng, có một hoặc nhiều hóa đơn thương mại của một người bán hàng, cùng điều kiện giao hàng, giao hàng một lần và có một vận đơn. Vậy người khai hải quan có được khai trên một tờ khai hải quan không vì đây là loại hình không bị quản lí bởi chính sách thuế và trị giá tính thuế. Hiện chưa có phương án xử lý cho loại hình này nên Tổng cục Hải quan sẽ tiếp thu đề xuất trên đồng thời tiếp tục nghiên cứu, hướng dẫn áp dụng khai nhiều hóa đơn trên một tờ khai cho các đối tượng khác.

4. Hàng hóa luân chuyển giữa các DN chế xuất cùng một tập đoàn

Quy định về việc hàng hóa luân chuyển giữa các DN chế xuất không cùng một khu chế xuất nhưng các DN chế xuất này thuộc một tập đoàn hay một hệ thống công ty thì được lựa chọn không phải làm thủ tục hải quan hoặc làm thủ tục hải quan theo loại hình xuất nhập khẩu tại chỗ đã được quy định thống nhất tại điểm e3 khoản 5 Điều 24 Thông tư 22/2014/TT-BTC và điểm e3 khoản 3 Điều 49 Thông tư 128/2013/TT-BTC.

Đối với thủ tục hải quan điện tử, việc giám sát hàng hóa luân chuyển giữa các DN chế xuất được thực hiện theo quy định tại Điều 33 Thông tư 22/2014/TT-BTC.

5. Thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ đối với DN ưu tiên

DN ưu tiên và các đối tác thực hiện xuất khẩu tại chỗ trước, nhập khẩu tại chỗ sau. DN ưu tiên được khai tờ khai nhập khẩu tại chỗ tương ứng với nhiều tờ khai xuất khẩu tại chỗ và ghi nhận cụ thể các tờ khai xuất khẩu tại chỗ tại “Phần ghi chú” trên Tờ khai hàng hóa nhập khẩu.

6. Thông quan điện tử của hải quan

Trong giai đoạn đầu triển khai hệ thống VNACCS/VCIS còn có một số vướng mắc trong kĩ năng khai báo của người khai hải quan và việc phối hợp giữa các Chi cục Hải quan đã và chưa triển khai Hệ thống nên phát sinh một số vướng mắc đối với hàng hóa xuất khẩu. Cơ quan Hải quan sẽ thực hiện đồng bộ trên cả hai hệ thống.

7. Sự thiếu đồng bộ trong thông tin của ngành về lệ phí tờ khai

Để giảm thiểu các vướng mắc liên quan đến điều kiện ân hạn thuế, Bộ Tài chính sẽ có văn bản quy định về việc trao đổi dữ liệu điện tử giữa các ngân hàng thương mại - Kho bạc Nhà nước - Thuế - Hải quan. Hiện cơ quan Hải quan cũng đã cho phép DN được nộp lệ phí theo tháng. Việc nộp lệ phí hải quan không ảnh hưởng đến điều kiện ân hạn thuế và vấn đề hoàn thuế.

8. Số lần sửa tờ khai là 9 lần nhưng khi đã hoàn thành việc khai hải quan, DN vẫn chưa được đảm bảo hàng hóa sẽ được thông quan

Quy định cho phép sửa tờ khai hải quan trước khi kiểm tra thực tế hàng hóa 9 lần là một ưu việt đối với thủ tục hải quan điện tử thực hiện theo Thông tư 22. Để tránh việc sửa đổi, bổ sung quá nhiều lần, DN cần nghiên cứu kĩ các hướng dẫn khai báo các chỉ tiêu thông tin đã được quy định tại Phụ lục II Thông tư 22 và các hướng dẫn được đăng tải trên website của Tổng cục Hải quan.

9. Trường khai mã hàng hóa quá ngắn

Đối với việc khai mã hàng hóa, phải đảm bảo 8 kí tự theo đúng quy định tại Danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu Việt Nam. Đối với mã nguyên phụ liệu, mã sản phẩm xuất khẩu phục vụ cho việc thanh khoản, hoàn thuế, cho phép khai tối đa 48 kí tự.