Công văn 373/TCT-KK nêu rõ, người nộp thuế sẽ được hoàn thuế khi chưa được khấu trừ và khai bổ sung hoàn thuế trong một số trường hợp, cụ thể:

Người nộp thuế có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết phát sinh trước kỳ tính thuế tháng 7/2016 hoặc trước kỳ tính thuế quý 3/2016 và đủ điều kiện hoàn thuế.

Người nộp thuế hai bổ sung chưa đúng hướng dẫn của Công văn 4943/TCT-KK ngày 23/11/2015 nhưng không làm sai số thuế còn được khấu trừ, số thuế đề nghị hoàn và đáp ứng đầy đủ các quy định về khấu trừ và hoàn thuế.

Đối với cơ sở kinh doanh sẽ không được hoàn thuế GTGT nhưng sẽ được bù trừ vào các kỳ nộp tiếp theo khi đáp ứng đủ các điều kiện như sau:  Không đề nghị hoàn số thuế đầu vào lũy kế chưa khấu trừ hết tại hồ sơ kê khai thuế tháng 6/2016 hoặc kỳ tính thuế quý 02/2016; đồng thời đã kê khai khấu trừ vào số thuế phải nộp của kỳ tính thuế tháng 7/2016 hoặc kỳ tính thuế quý 3/2016.