Đồng thời phân công Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử vụ án. 

Mười bị can trong vụ án này gồm: Phạm Minh Tuấn (sinh năm 1974, nguyên Tổng Giám đốc SMES), Phan Huy Chí (sinh năm 1975, nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Tổng Giám đốc SMES), Nguyễn Huy Sơn (sinh năm 1981, nguyên cán bộ SMES), Nguyễn Phương Lan (sinh năm 1980, nguyên cán bộ SMES), Cao Tuấn Nghĩa (sinh năm 1974, nguyên Giám đốc Công ty Cổ phần Tư vấn Anh), Nguyễn Thanh Nam (sinh năm 1975, nguyên Giám đốc SMES - Chi nhánh Thành phố Hồ Chí Minh), Chu Xuân Lai (sinh năm 1967, nguyên Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Đầu tư tài chính công đoàn dầu khí Việt Nam – viết tắt là PVFI), Lê Xuân Tân (sinh năm 1979, nguyên Phó Tổng Giám đốc PVFI), Vũ Xuân Công (sinh năm 1980, nguyên Phó Trưởng Ban Dịch vụ tài chính PVFI), Vũ Thị Hồng Lan (sinh năm 1978, nguyên Trưởng Ban dịch vụ tài chính PVFI). 

Trong đó, sáu bị can là: Phạm Minh Tuấn, Phan Huy Chí, Nguyễn Huy Sơn, Nguyễn Thanh Nam, Nguyễn Phương Lan và Cao Tuấn Nghĩa bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” theo quy định tại Điều 139, khoản 4, điểm a – Bộ luật Hình sự năm 1999. Bốn bị can còn lại bị Viện Kiểm sát truy tố về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” theo quy định tại Điều 285, khoản 2 – Bộ luật Hình sự năm 1999. 

Theo cáo trạng, Công ty Cổ phần chứng khoán SMES có trụ sở tại số 15 Tô Hiến Thành (quận Hai Bà Trưng, Hà Nội) đăng ký các ngành kinh doanh: lưu ký chứng khoán, tư vấn tài chính và đầu tư chứng khoán, bảo lãnh phát hành chứng khoán, tự doanh chứng khoán và môi giới chứng khoán. Vốn điều lệ của Công ty là 255 tỷ đồng. Người đại diện theo pháp luật là Phan Huy Chí – Chủ tịch Hội đồng quản trị, và Phạm Minh Tuấn - Tổng Giám đốc.

Từ tháng 4/2010 đến tháng 3/2011, do cần tiền để sử dụng cá nhân và thanh toán các khoản nợ cũ, Phan Huy Chí, Phạm Minh Tuấn và đồng phạm đã lợi dụng việc SMES là đơn vị được kinh doanh chứng khoán và có khả năng phong tỏa chứng khoán; lợi dụng sơ hở, thiếu sót của các đối tác trong kinh doanh chứng khoán… để thực hiện hành vi lừa đảo chiếm đoạt tài sản.

Cụ thể, các bị can đã dùng thủ đoạn gian dối trong việc tạo dựng khách hàng, đưa các mã chứng khoán khống vào Hợp đồng hợp tác đầu tư chứng khoán niêm yết, Hợp đồng ủy thác, cầm cố; xác nhận phong tỏa các mã chứng khoán khống để tạo niềm tin và chiếm đoạt hơn 107 tỷ đồng của Công ty Cổ phần Bảo hiểm dầu khí Việt Nam, nay là Công ty Cổ phần PVI (PVI), trên 111 tỷ đồng của Công ty Cổ phần Đầu tư tài chính công đoàn dầu khí Việt Nam (PVFI), 80 tỷ đồng của Ngân hàng Thương mại cổ phần Nhà Hà Nội (Habubank). Tổng cộng số tiền mà các bị can đã lừa đảo chiếm đoạt là 299,5 tỷ đồng. 

Để các bị can trên thực hiện hành vi lừa đảo chiếm đoạt tài sản của PVFI, có sự tiếp tay, thực hiện không đúng, không đầy đủ trách nhiệm của bốn bị can: Chu Xuân Lai (nguyên Tổng Giám đốc PVFI), Lê Xuân Tân (nguyên Phó Tổng Giám đốc PVFI), Vũ Xuân Công (nguyên Phó Trưởng Ban Dịch vụ tài chính) và Vũ Thị Hồng Lan (nguyên Trưởng Ban Dịch vụ tài chính PVFI).

Cụ thể, bốn bị can này đều là những người có chức trách, nhiệm vụ bảo toàn và phát triển vốn của Nhà nước tại doanh nghiệp song đã không thực hiện đầy đủ trách nhiệm được giao: không làm đúng, đầy đủ Quy trình hợp tác đầu tư chứng khoán niêm yết của PVFI và qui định tại Hợp đồng cung cấp dịch vụ hợp tác đầu tư chứng khoán niêm yết đã được ký kết giữa PVFI với SMES; khi ký kết các hợp đồng về việc niêm yết chứng khoán không có mặt các bên cùng tham gia; không thực hiện đúng với nội dung hợp đồng...

Vì vậy, họ đã tạo điều kiện để cho Phan Huy Chí cùng đồng phạm lợi dụng chiếm đoạt tài sản, dẫn đến thiệt hại cho PVFI 109,7 tỷ đồng.