Thông tư số 92/2019/TT-BTC bổ sung quy định về hệ thống quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nước ngoài và cách truy cập. Theo đó, hệ thống quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nước ngoài là hệ thống tích hợp, lưu trữ, trao đổi thông tin liên quan đến việc hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nước ngoài giữa các cơ quan, tổ chức, cá nhân do Tổng cục Hải quan chịu trách nhiệm xây dựng, quản lý và vận hành.

Các đối tượng được truy cập và trao đổi thông tin với Hệ thống: Cơ quan hải quan; Cơ quan thuế; Ngân hàng thương mại là đại lý hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nước ngoài; Doanh nghiệp được cơ quan thuế công nhận là doanh nghiệp bán hàng hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nước ngoài.

Căn cứ các thông tin trên hộ chiếu hoặc giấy tờ nhập xuất cảnh còn giá trị và hàng hóa được mua, doanh nghiệp bán hàng lập hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế cho hàng hóa trên Hệ thống hoặc phần mềm của doanh nghiệp kết nối với Hệ thống, nhập đầy đủ thông tin theo mẫu quy định, ký số, truyền các thông tin về hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế.

Trường hợp Hệ thống xảy ra sự cố, doanh nghiệp không truy cập được vào Hệ thống, doanh nghiệp lập hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế theo mẫu quy định, ký, đóng dấu và giao cho người nước ngoài. Chứng từ in ra là cơ sở để cơ quan hải quan kiểm tra đối chiếu với hàng hóa của người nước ngoài.

Ngay sau khi Hệ thống hoạt động bình thường, doanh nghiệp bán hàng cập nhật các thông tin đã lập tại hóa đơn giấy vào Hệ thống như trường hợp lập hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế trên Hệ thống. Hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế được cập nhật trên Hệ thống phải đảm bảo trùng khớp về số, ký hiệu, nội dung thể hiện trên hóa đơn giấy.

Thông tư số 92/2019/TT-BTC quy định, Tổng cục Hải quan tiếp nhận hồ sơ đề nghị của ngân hàng thương mại, trình Bộ Tài chính lựa chọn Ngân hàng thương mại làm đại lý hoàn thuế theo đúng quy định và tiếp nhận hồ sơ đề nghị của Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố, trình Bộ Tài chính lựa chọn sân bay, cảng biển quốc tế áp dụng hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nước ngoài đảm bảo hiệu quả kinh tế, đáp ứng yêu cầu quản lý.

Ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất là ngày làm việc tiếp theo, cơ quan hải quan thông báo bằng văn bản với Cục thuế quản lý doanh nghiệp bán hàng hoàn thuế giá trị gia tăng các trường hợp sau:

Một là, doanh nghiệp không lập hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế theo mẫu trên Hệ thống hoặc lập hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế nhưng không truyền đến Hệ thống trừ trường hợp Hệ thống xảy ra sự cố theo quy định.

Hai là, doanh nghiệp lập hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế với các thông tin không đầy đủ, chính xác theo quy định.

Ba là, doanh nghiệp vi phạm các quy định về việc hoàn thuế giá trị gia tăng.

Về thanh toán, hoàn trả số tiền thuế đã ứng trước, tiền phí dịch vụ hoàn thuế giá trị gia tăng, định kỳ tối đa 5 ngày làm việc một lần, ngân hàng thương mại căn cứ tình hình thực tế, lập hồ sơ đề nghị thanh toán, hoàn trả số tiền thuế đã ứng trước, tiền phí dịch vụ hoàn thuế được hưởng trên Hệ thống và gửi Cục Thuế nơi Ngân hàng thương mại đăng ký, khai thuế, Cục Hải quan địa phương nơi Ngân hàng thương mại thực hiện việc hoàn thuế.

Trong thời hạn tối đa 02 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đề nghị thanh toán của ngân hàng thương mại, căn cứ thông tin xác nhận hoàn thuế do cơ quan hải quan cung cấp theo đường điện tử, Cục Thuế nơi Ngân hàng thương mại đăng ký, khai thuế ban hành Quyết định thanh toán theo mẫu; đồng thời lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước để thực hiện chuyển tiền cho ngân hàng thương mại. Căn cứ Quyết định thanh toán và Lệnh hoàn trả do Cục Thuế ban hành, Kho bạc Nhà nước chuyển tiền cho ngân hàng thương mại.

Theo Thông tư số 92/2019/TT-BTC, chậm nhất là ngày 20 của tháng tiếp theo của quý phát sinh nghĩa vụ thuế, doanh nghiệp bán hàng hoàn thuế báo cáo cơ quan thuế quản lý trực tiếp về việc bán hàng cho người nước ngoài.

Định kỳ hàng tháng, chậm nhất vào ngày 10 của tháng sau, Cục Thuế nơi Ngân hàng thương mại, doanh nghiệp bán hàng đăng ký, khai thuế chủ trì phối hợp với Kho bạc Nhà nước đối chiếu số tiền hoàn thuế giá trị gia tăng; phối hợp với Cục Hải quan đồng cấp rà soát, đối chiếu số tiền thuế giá trị gia tăng doanh nghiệp bán hàng đã kê khai hoặc đã nộp, tiền thuế giá trị gia tăng và tiền phí dịch vụ hoàn thuế đã thanh toán cho ngân hàng thương mại để đảm bảo khớp đúng số liệu giữa các bên. Trường hợp số liệu không khớp đúng, các cơ quan phối hợp tìm nguyên nhân và xử lý bảo đảm việc hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nước ngoài theo đúng quy định.

Cục Thuế nơi Ngân hàng thương mại đăng ký, khai thuế tổng hợp báo kết quả và tình hình thanh toán, hoàn trả tiền thuế đã ứng trước, tiền phí dịch vụ hoàn thuế cho ngân hàng thương mại; các Cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương báo cáo kết quả, tình hình bán hàng cho người nước ngoài của doanh nghiệp bán hàng hoàn thuế theo địa bàn quản lý với Tổng cục Thuế theo quy định do Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế ban hành.