1. Về thủ tục hải quan điện tử (ghi ngày hóa đơn trên tờ khai hải quan xuất khẩu - ô số 8):

Thông tư 222/2009/TT-BTC ngày 25/11/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn thí điểm thủ tục hải quan điện tử không luôn luôn yêu cầu phải ghi ngày của hóa đơn xuất khẩu vào ô số 8 trên tờ khai và yêu cầu ngày hóa đơn trùng với ngày mở tờ khai hoặc trước ngày mở tờ khai như công ty đã phản ánh. Do Công ty không nêu rõ hồ sơ hải quan và Chi cục Hải quan nơi Công ty làm thủ tục nên Tổng cục Hải quan không có cơ sở để trao đổi cụ thể. Trong trường hợp Công ty ghi bổ sung ngày hóa đơn sau ngày mở tờ khai và trước khi hoàn thành thủ tục hải quan thì thực hiện theo quy định tại Điều 13 Thông tư 222/2009/TT-BTC.

Đề nghị Công ty đối chiếu, nghiên cứu các quy định về thủ tục hải quan điện tử tại Thông tư 222/2009/TT-BTC. Nếu phía Công ty đã thực hiện đúng quy định mà không được Chi cục Hải quan nơi mở tờ khai chấp nhận thì đề nghị Chi cục Hải quan nơi mở tờ khai giải thích và nêu rõ lý do.

2. Về việc bù trừ, hoàn thuế GTGT, thuế nhập khẩu nộp thừa:

2.1 Về thuế nhập khẩu:

Theo quy định tại Điều 47 Luật quản lý thuế số 78/2006/QH11, khoản 14 Điều 1 Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010 của Chính phủ nếu người nộp thuế có số tiền thuế đã nộp lớn hơn số tiến thuế phải nộp thì được quyền yêu cầu cơ quan quản lý xử lý số tiền thuế nộp thừa. Việc xử lý tiền thuế nộp thừa thực hiện như sau:

Theo quy định tại Điều 24, Điều 131 Thông tư 194/2010/TT-BTC ngày 06/12/2010 của Bộ Tài chính thì nếu doanh nghiệp nộp thừa các loại tiền thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế môi trường và thực hiện bù trừ vào số tiền thuế còn nợ/ hoặc số tiền thuế phải nộp của lô hàng tiếp theo tại cùng một Chi cục Hải quan thì: Công ty lập và gửi giấy đề nghị điều chỉnh thu nộp Ngân sách Nhà nước kèm theo chứng từ nộp tiền (xuất trình bản gốc và nộp bản sao cho cơ quan Hải quan). Cơ quan Hải quan thực hiện kiểm tra, xác nhận thông tin và ra Quyết định xử lý tiền thuế nộp thừa kiêm bù trừ vào số tiền thuế còn nợ hoặc số tiền thuế phải nộp của tờ khai tiếp theo.

Trường hợp bù trừ số tiền thuế tại nhiều Chi cục Hải quan khác nhau thì Công ty có văn bản đề nghị điều chỉnh theo mẫu C1-07 ban hành kèm theo Thông tư 128/2008/TT-BTC ngày 24/12/2008 của Bộ Tài chính, đồng thời gửi bản chính giấy nộp tiền cho cơ quan Hải quan xác nhận chuyển Kho bạc Nhà nước thực hiện điều chỉnh.

2.2 Về thuế GTGT hàng nhập khẩu:

Việc xử lý số tiền thuế GTGT Công ty đã nộp thừa của hàng hóa nhập khẩu thực hiện theo hướng dẫn tại điểm c khoản 2 Điều 131 Thông tư 194/2010/TT-BTC (cơ quan hải quan không hoàn thuế GTGT). Theo đó, người nộp thuế hoặc cơ quan hải quan phát hiện nộp thừa trong kỳ kế toán (tháng, quý, năm ngân sách) thì thực hiện điều chỉnh theo mẫu C1-07 ban hành kèm theo Thông tư số 128/2008/TT-BTC, đồng thời người nộp thuế nộp bản chính giấy nộp tiền, cơ quan hải quan xác nhận, ký tên, đóng dấu đơn vị lên mặt trước bản chính của giấy nộp tiền vào Ngân sách Nhà nước số tiền thuế GTGT đã điều chỉnh sang khoản thuế khác, chuyển kho bạc Nhà nước điều chỉnh. Các trường hợp thuế GTGT nộp thừa khác, cơ quan hải quan xác nhận số tiền thuế nộp thừa để cơ quan thuế thực hiện hoàn trả người nộp thuế theo quy định.