Thông tư số 62/2019/TT-BTC quy định, để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo Hiệp định CPTPP, người khai hải quan nộp cho cơ quan hải quan tại thời điểm làm thủ tục hải quan nhập khẩu một trong các loại chứng từ sau: Chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa do người xuất khẩu hoặc người sản xuất phát hành (chứng từ tự chứng nhận xuất xứ hàng hóa): 01 bản chính; Hoặc chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) được cấp bởi cơ quan có thẩm quyền của nước thành viên xuất khẩu: 01 bản chính.

Trường hợp chưa kê khai để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt tại thời điểm làm thủ tục hải quan nhập khẩu, để được áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt, người khai hải quan có trách nhiệm khai rõ xuất xứ hàng hóa và khai chậm nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa trên tờ khai hải quan nhập khẩu tại thời điểm làm thủ tục hải quan; Khai bổ sung và nộp 01 bản chính chứng từ chứng nhận xuất xứ trong thời hạn 12 tháng kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan.

Theo Thông tư số 62/2019/TT-BTC, chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa phải có đủ các thông tin tối thiểu sau: Người xuất khẩu hoặc người sản xuất; Tên, địa chỉ (bao gồm quốc gia), số điện thoại và địa chỉ email của người chứng nhận; Tên, địa chỉ (bao gồm quốc gia), số điện thoại và địa chỉ email của người xuất khẩu nếu người xuất khẩu không phải người chứng nhận; Tên, địa chỉ (bao gồm quốc gia), số điện thoại và địa chỉ email của người sản xuất nếu người sản xuất không phải người chứng nhận hay người xuất khẩu hoặc nếu có nhiều hơn một người sản xuất; Tên, địa chỉ, địa chỉ email và số điện thoại của người nhập khẩu (nếu có thông tin về người nhập khẩu); Mô tả và mã số HS của hàng hóa; Tiêu chí xuất xứ; Thời hạn; Ngày tháng năm và chữ ký được ủy quyền.

Đồng thời, chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa phải được cấp ở dạng văn bản giấy hoặc bản điện tử. Trường hợp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa không sử dụng tiếng Anh, người khai hải quan phải dịch ra tiếng Việt hoặc tiếng Anh và chịu trách nhiệm về nội dung của bản dịch.

Trường hợp một nước thành viên Hiệp định CPTPP thông báo chỉ áp dụng chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa được cấp bởi cơ quan có thẩm quyền hoặc người xuất khẩu, người sản xuất được phê duyệt tự chứng nhận xuất xứ, trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đầy đủ thông tin thông báo của nước thành viên xuất khẩu, Tổng cục Hải quan thông báo cho Cục Hải quan các tỉnh, thành phố về việc áp dụng các hình thức chứng từ chứng nhận xuất xứ nêu trên, danh sách cơ quan có thẩm quyền cấp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa của nước thành viên xuất khẩu, danh sách người xuất khẩu, người sản xuất được phê duyệt và các thông tin liên quan khác (nếu có).

Cơ quan hải quan chấp nhận chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt trong trường hợp hoá đơn thương mại được phát hành bởi một nước không phải là thành viên. Trường hợp hóa đơn thương mại được phát hành bởi một nước không phải là thành viên, chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa phải phát hành tách biệt với hóa đơn thương mại đó.

Cơ quan hải quan từ chối chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa đối với 05 trường hợp sau:

Một là, xác định hàng hóa nhập khẩu không đủ điều kiện để áp dụng ưu đãi thuế quan theo quy định;

Hai là, khi tiến hành xác minh mà không nhận được đầy đủ thông tin để xác định hàng hóa có xuất xứ theo quy định.

Ba là, quá thời hạn 180 ngày kể từ ngày Tổng cục Hải quan gửi yêu cầu xác minh nhưng người xuất khẩu hoặc người sản xuất hoặc cơ quan có thẩm quyền cấp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa không trả lời đề nghị xác minh hoặc không cung cấp thông tin xác minh theo quy định.

Bốn là, quá thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận được yêu cầu của Tổng cục Hải quan đề nghị tiến hành xác minh trực tiếp tại nước xuất khẩu nhưng người xuất khẩu hoặc người sản xuất hoặc cơ quan có thẩm quyền cấp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa không gửi văn bản trả lời chấp nhận hoặc từ chối yêu cầu kiểm tra.

Năm là, trường hợp có chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa tại thời điểm làm thủ tục nhập khẩu nhưng người khai hải quan không khai số tham chiếu, ngày cấp hoặc trường hợp chưa có chứng từ chứng nhận xuất xứ tại thời điểm làm thủ tục nhập khẩu nhưng người khai hải quan không khai chậm nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa trên tờ khai hải quan nhập khẩu theo quy định; Trường hợp người khai hải quan khai chậm nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa nhưng khai bổ sung và nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa quá thời hạn.

Thông tư số 62/2019/TT-BTC nêu rõ, trước khi ra quyết định từ chối chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa nhập khẩu, Tổng cục Hải quan thông báo nội dung kết quả xác minh cho người nhập khẩu, người xuất khẩu hoặc người sản xuất hoặc cơ quan có thẩm quyền cấp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa đã cung cấp thông tin xác minh. Người xuất khẩu hoặc người sản xuất hoặc cơ quan có thẩm quyền của nước xuất khẩu cung cấp, bổ sung thêm thông tin liên quan đến xuất xứ hàng hóa trong thời gian tối đa 90 ngày kể từ ngày Tổng cục Hải quan gửi thông báo.

Trường hợp từ chối áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt, cơ quan hải quan thông báo lý do bằng văn bản cho người nhập khẩu biết.