Theo đó, có ba diện DN phải kiểm tra thực tế.

Thứ nhất, DN có thời gian thành lập từ 24 tháng trở xuống tính đến ngày xác lập danh sách, căn cứ vào thông tin “Ngày cấp đăng ký kinh doanh lần đầu” tại hồ sơ DN trên Hệ thống Quản lý rủi ro;

Không trực tiếp sản xuất hàng hóa xuất khẩu; và có quy mô kinh doanh bình quân năm cao gấp 5 lần trở lên so với vốn chủ sở hữu, căn cứ vào văn bản xác nhận của Cơ quan Thuế trực tiếp quản lý DN;

Không có cơ sở vật chất là nhà máy, xưởng sản xuất, căn cứ vào thông tin cam kết về cơ sở sản xuất theo quy định của Bộ Tài chính, và kết quả kiểm tra cơ sở sản xuất, đã được cập nhật vào hồ sơ doanh nghiệp trên Hệ thống Quản lý rủi ro;

Không có cơ sở vật chất là kho hàng, căn cứ vào “thông tin kho chứa hàng” được thu thập và cập nhật vào hồ sơ doanh nghiệp trên Hệ thống Quản lý rủi ro; Không có cơ sở vật chất là phương tiện vận tải, hệ thống cửa hàng, căn cứ vào thông tin do Cục Hải quan trực tiếp tổ chức thu thập; hoặc

Cơ sở vật chất không tương ứng với sản phẩm hàng hóa xuất khẩu, căn cứ vào kết quả kiểm tra cơ sở sản xuất của doanh nghiệp, đã được thu thập và cập nhật vào hồ sơ doanh nghiệp trên Hệ thống Quản lý rủi ro.

Thứ hai, DN nhận thanh toán tiền hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu từ tài khoản vãng lai của người mua nước ngoài mở tại ngân hàng thương mại Việt Nam, căn cứ thông tin giao dịch thanh toán tại văn bản xác nhận của ngân hàng thương mại cung cấp dịch vụ thanh toán cho DN;

Hàng hóa xuất khẩu thuộc loại có rủi ro, do Cục Hải quan tự xây dựng theo các nguyên tắc và phương pháp quy định tại Khoản 2 và 3 Điều 21 Thông tư 175/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính.

Thứ ba, DN có rủi ro cao về thuế, hải quan, theo kết quả phân tích của Cục Hải quan tỉnh, thành phố.

Tổng cục Hải quan yêu cầu trên cơ sở danh sách DN thực hiện xuất khẩu hàng hóa tại các cửa khẩu biên giới đất liền thuộc địa bàn quản lý của đơn vị, các Cục Hải quan tỉnh, thành phố lập danh sách DN có rủi ro cao về xuất khẩu nhằm gian lận hoàn thuế giá trị gia tăng phải áp dụng biện pháp kiểm tra thực tế hàng hóa theo các tiêu chí như trên.

Căn cứ danh sách doanh nghiệp rủi ro, các Cục Hải quan tỉnh, thành phố thiết lập tiêu chí phân luồng kiểm tra trên hệ thống VCIS theo quy định.

Trường hợp lô hàng xuất khẩu của doanh nghiệp lần đầu xuất khẩu tại Chi cục Hải quan được hệ thống phân Luồng 1 hoặc Luồng 2, Chi cục Hải quan thực hiện chuyển luồng (đối với Luồng 2) hoặc áp dụng biện pháp can thiệp đột xuất (đối với Luồng 1) để kiểm tra 100% hàng hóa xuất khẩu theo quy định hiện hành.