Tổng cục Hải quan hướng dẫn, trong trường hợp người nộp thuế có khoản tiền nộp thừa và khoản tiền còn nợ không cùng đơn vị hải quan thì cơ quan hải quan nơi phát sinh khoản nợ có văn bản đề nghị cơ quan hải quan nơi có số tiền nộp thừa thực hiện hoàn trả số tiền nộp bù trừ vào số tiền còn nợ.

Căn cứ công văn của cơ quan hải quan nơi phát sinh khoản nợ, cơ quan hải quan nơi có số tiền nộp thừa thay doanh nghiệp làm thủ tục hoàn thuế, lập lệnh hoàn trả kiêm bù trừ ngân sách; lý do hoàn trả ghi rõ hoàn trả đối với trường hợp doanh nghiệp đã giải thể, ngừng hoạt động hoặc bỏ địa chỉ kinh doanh.

Trường hợp người nộp thuế có khoản tiền nộp thừa và khoản tiền còn nợ phát sinh tại cùng cơ quan hải quan thì cơ quan hải quan đó thay doanh nghiệp là chủ thể thực hiện thủ tục hoàn trả, lập lệnh hoàn trả kiêm thực hiện bù trừ số tiền nộp thừa với số tiền còn nợ gửi Kho bạc Nhà nước để nộp ngân sách Nhà nước thay cho người nộp thuế.

Trường hợp điều chỉnh liên quan đến thuế giá trị gia tăng thì cơ quan hải quan nơi thực hiện hoàn thuế kiêm bù trừ có văn bản trao đổi, xác minh với cơ quan thuế để xác định các khoản tiền thuế giá trị gia tăng chưa được khấu trừ hay hoàn thuế tại cơ quan thuế, sau đó sẽ thực hiện điều chỉnh hay hoàn thuế kiêm bù trừ.