Tại Công văn số 3246/TCT-KK gửi  Cục thuế tỉnh Sóc Trăng, Tổng cục Thuế nêu rõ, Điều 17 Thông tư 84/2016/TT-BTC ngày 17/6/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn thủ tục thu nộp ngân sách nhà nước đối với các khoản thuế và thu nội địa quy định về xử lý sai sót, tra soát, điều chỉnh thông tin thu nộp thuế. Theo đó, nguyên tắc xử lý sai sót là các khoản tiền chuyển thừa, chuyển thiếu được xử lý theo quy định về xử lý sai sót trong thanh toán của ngân hàng hoặc Kho bạc Nhà nước.

Trường hợp thông tin thu nộp ngân sách đã được Kho bạc Nhà nước truyền sang cơ quan thuế, các chứng từ điều chỉnh hoặc trả lại chứng từ có liên quan đều phải truyền cho cơ quan thuế để theo dõi, xử lý điều chỉnh cho phù hợp.

Về việc thực hiện tra soát và điều chỉnh thông tin hạch toán thu ngân sách, đối với ngân hàng ủy nhiệm thu, khi nhận được thư tra soát từ ngân hàng chưa phối hợp thu hoặc từ ngân hàng phối hợp thu, ngân hàng ủy nhiệm thu có trách nhiệm thực hiện tra soát và điều chỉnh sai sót theo quy định về xử lý sai sót trong thanh toán; đồng thời gửi thông tin đã điều chỉnh cho Kho bạc Nhà nước (nếu chứng từ đã được truyền sang Kho bạc Nhà nước) để điều chỉnh sai sót liên quan đến hạch toán khoản nộp tại Kho bạc.

Trường hợp chuyển thừa tiền (so với số tiền khách hàng nộp), ngân hàng gửi thư tra soát sang Kho bạc Nhà nước; căn cứ nội dung tra soát của ngân hàng, Kho bạc trả lại tiền thừa cho ngân hàng. Trường hợp chuyển thiếu tiền, ngân hàng thực hiện chuyển bổ sung cho đủ số tiền phải nộp ngân sách nhà nước về Kho bạc Nhà nước, bảo đảm các thông tin hạch toán khớp đúng thông tin đã hạch toán trước đó.

Đối với Kho bạc Nhà nước, khi đã hạch toán thu ngân sách và chuyển thông tin thu ngân sách sang cơ quan thuế, nếu phát hiện sai sót thì Kho bạc Nhà nước có trách nhiệm điều chỉnh thông tin và gửi thông báo sang cơ quan thuế để cơ quan thuế điều chỉnh thông tin quản lý.

Khi nhận được thư tra soát từ người nộp thuế/cơ quan thuế/ngân hàng thì Kho bạc Nhà nước có trách nhiệm tra soát, điều chỉnh thông tin và thông báo với các cơ quan liên quan để điều chỉnh thông tin thu nộp ngân sách nhà nước.

Căn cứ vào quy định nêu trên, theo Tổng cục Thuế, việc hoàn trả khoản thu hạch toán 2 lần đối với Ngân hàng TMCP ngoại thương - Chi nhánh Sóc Trăng thực hiện như sau: Trường hợp Ngân hàng TMCP ngoại thương Việt Nam - Chi nhánh Sóc Trăng chuyển thừa tiền so với số tiền khách hàng thực hiện nộp tiền vào ngân sách nhà nước. Ngân hàng TMCP ngoại thương Việt Nam - Chi nhánh Sóc Trăng thực hiện gửi tra soát sang Kho bạc Nhà nước Sóc Trăng.

Căn cứ nội dung tra soát của ngân hàng, Kho bạc Nhà nước Sóc Trăng thực hiện trả lại tiền thừa cho Ngân hàng TMCP ngoại thương Việt Nam - Chi nhánh Sóc Trăng.

Căn cứ thông tin chứng từ điều chỉnh do Kho bạc Nhà nước Sóc Trăng truyền sang qua Bảng kê chứng từ thu ngân sách nhà nước, Cục thuế tỉnh Sóc Trăng thực hiện hạch toán điều chỉnh giảm số tiền tương ứng của người nộp thuế trên ứng dụng quản lý thuế tập trung (TMS).