Theo đó, Thông tư hướng dẫn cụ thể về các chế độ ưu tiên và các nguyên tắc áp dụng chế độ ưu tiên; Điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên; Thủ tục thẩm định, công nhận, tạm đình chỉ, đỉnh chỉ DN ưu tiên; Thẩm quyền công nhận, tạm đình chỉnh áp dụng chế độ ưu tiên, trách nhiệm của cơ quan liên quan….

Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp ưu tiên hoặc dự án ưu tiên hoặc do đại lý ưu tiên đứng tên trên tờ khai được áp dụng chế độ ưu tiên về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan quy định tại Thông tư này đối với tất cả các loại hình xuất khẩu, nhập khẩu, ở tất cả các đơn vị hải quan trong toàn quốc. Ngoài các ưu tiên được quy định tại Thông tư này, doanh nghiệp ưu tiên còn được hưởng các ưu tiên khác trong lĩnh vực quản lý nhà nước về hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật có liên quan.

Thông tư cũng quy định điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên trong việc thực hiện thủ tục hải quan gồm:

Điều kiện tuân thủ pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế: Trong thời hạn 02 (hai) năm liên tục, gần nhất tính đến thời điểm doanh nghiệp có văn bản đề nghị công nhận doanh nghiệp ưu tiên, doanh nghiệp không vi phạm các quy định của pháp luật về thuế, hải quan tới mức bị xử lý vi phạm về các hành vi trốn thuế, gian lận thuế, buôn lậu và vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới; Các hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan có hình thức, mức xử phạt vượt thẩm quyền Chi cục trưởng Chi cục Hải quan và các chức danh tương đương; Đối với đại lý làm thủ tục hải quan, số tờ khai hải quan đại lý làm thủ tục đứng tên bị xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan, lĩnh vực thuế thuộc thẩm quyền xử lý của Chi cục trưởng Chi cục Hải quan và chức danh tương đương không vượt quá tỷ lệ 0,5% tính trên tổng số tờ khai đã làm thủ tục hải quan; Không nợ thuế quá hạn theo quy định.

Điều kiện về kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu: Doanh nghiệp đạt kim ngạch xuất nhập khẩu từ 100 triệu USD/năm trở lên; Doanh nghiệp đạt kim ngạch xuất khẩu hàng hóa sản xuất tại Việt Nam từ 40 triệu USD/năm trở lên; Doanh nghiệp đạt kim ngạch xuất khẩu hàng hóa là nông sản, thủy sản sản xuất hoặc nuôi, trồng tại Việt Nam từ 30 triệu USD/năm trở lên; Đại lý thủ tục hải quan có số tờ khai hải quan đã làm thủ tục hải quan đứng tên đại lý trong năm đạt từ 20.000 tờ khai/năm trở lên.

Không áp dụng điều kiện kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu đối với các doanh nghiệp được Bộ Khoa học và Công nghệ cấp giấy chứng nhận là doanh nghiệp công nghệ cao theo quy định của Luật Công nghệ cao.

Đối với dự án đầu tư trọng điểm được Thủ tướng Chính phủ có ý kiến trước khi cấp phép đầu tư đang trong giai đoạn xây dựng cơ bản, chủ đầu tư có hồ sơ gửi Tổng cục Hải quan đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên.

Định kỳ 03 (ba) năm trên cơ sở quản lý rủi ro theo quy định.

Thông tư này có hiệu lực từ ngày 25/6/2015 và thay thế Thông tư số 86/2013/TT-BTC ngày 27/6/2013 và Thông tư số 133/2013/TT-BTC ngày 24/9/2013 của Bộ Tài chính./.