Thông tư số 15/2018/TT-BTC nêu rõ, chi phí phát sinh trong quá trình phát hành, hoán đổi, mua lại, thanh toán gốc, lãi trái phiếu chính phủ được ngân sách trung ương chi trả. Cụ thể, chi trả cho Kho bạc Nhà nước liên quan đến việc phát hành, hoán đổi, mua lại, thanh toán gốc, lãi trái phiếu chính phủ bao gồm: Chi phí trực tiếp phục vụ cho việc phát hành, hoán đổi, mua lại, thanh toán gốc, lãi trái phiếu chính phủ; Chi phí in chứng chỉ đối với trường hợp phát hành theo phương thức đại lý hoặc bán lẻ qua hệ thống Kho bạc Nhà nước; Chi mua sắm, bảo dưỡng, sửa chữa, thiết bị, công nghệ; Chi hội nghị, đào tạo, khảo sát, nghiên cứu phát triển thị trường trái phiếu chính phủ...

Kho bạc Nhà nước lập dự toán chi phí tổ chức phát hành, hoán đổi, mua lại, thanh toán gốc, lãi trái phiếu chính phủ theo quy định và tổng hợp vào dự toán thu, chi ngân sách nhà nước hàng năm của Kho bạc Nhà nước theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước và các văn bản hướng dẫn.

Về chi phí đấu thầu phát hành, đấu thầu mua lại trái phiếu chính phủ, Thông tư số 15/2018/TT-BTC nêu rõ, chi phí đấu thầu phát hành tín phiếu kho bạc tại Sở Giao dịch Ngân hàng Nhà nước Việt Nam trả cho Sở Giao dịch Ngân hàng Nhà nước Việt Nam bằng 0,01% giá trị danh nghĩa tín phiếu phát hành theo phương thức đấu thầu (không áp dụng đối với trường hợp tín phiếu phát hành trực tiếp cho Ngân hàng Nhà nước Việt Nam).

Chi phí đấu thầu phát hành trái phiếu chính phủ trả cho Sở Giao dịch chứng khoán bằng 0,025% giá trị danh nghĩa trái phiếu chính phủ phát hành theo phương thức đấu thầu, nhưng tối đa không quá 1 tỷ đồng/phiên đấu thầu. 

Trường hợp chi phí đấu thầu mua lại trái phiếu chính phủ trả cho Sở Giao dịch chứng khoán bằng 0,0075% giá mua lại trái phiếu chính phủ theo phương thức đấu thầu, nhưng tối đa không quá 300 triệu đồng/phiên đấu thầu. 

Chi phí hoạt động đại lý phát hành trả cho tổ chức cung cấp dịch vụ đại lý phát hành tối đa 0,1% giá trị danh nghĩa trái phiếu chính phủ phát hành theo phương thức đại lý. Căn cứ vào tình hình thị trường, mức độ phức tạp của đợt phát hành, nội dung công việc, Kho bạc Nhà nước thỏa thuận và thống nhất với đại lý phát hành mức phí tổ chức phát hành, thanh toán lãi, gốc trái phiếu chính phủ và được quy định cụ thể tại hợp đồng đại lý phát hành. 

Về chi phí thanh toán gốc, lãi trái phiếu chính phủ trả cho Trung tâm Lưu ký chứng khoán (TTLKCK), 0,02% giá trị gốc, lãi trái phiếu chính phủ thực hiện thanh toán được chi trả cho TTLKCK, nhưng tối đa không quá 400 triệu đồng/lần thanh toán gốc, lãi của một mã trái phiếu chính phủ.

Bên cạnh đó, 0,01% giá trị tín phiếu kho bạc thực thanh toán được chi trả cho TTLKCK nhưng tối đa không quá 200 triệu đồng/lần thanh toán gốc, lãi của một mã tín phiếu kho bạc.

Thông tư số 15/2018/TT-BTC có hiệu lực thi hành từ ngày 1/4/2018.