Quản lý thuế tài nguyên trong khai thác khoáng sản đóng vai trò quan trọng trong việc điều tiết hoạt động khai thác và sử dụng hiệu quả tài nguyên, đồng thời là nguồn thu lớn cho ngân sách nhà nước. Ở Việt Nam, Luật Thuế Tài nguyên ban hành vào năm 2009 và có hiệu lực từ năm 2010, là nền tảng pháp lý quan trọng quy định về thuế tài nguyên tại Việt Nam. Luật này áp dụng đối với các hoạt động khai thác tài nguyên thiên nhiên, bao gồm khoáng sản.

Theo đó, người nộp thuế bao gồm tất cả các tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên khoáng sản thuộc chủ quyền quốc gia phải chịu thuế tài nguyên. Các tài nguyên khoáng sản thuộc đối tượng chịu thuế bao gồm: khoáng sản kim loại (vàng, bạc, đồng, thiếc, kẽm...), khoáng sản phi kim loại (than, đất sét, đá vôi, cát...) và các tài nguyên khác như dầu khí, khí đốt. Căn cứ tính thuế dựa trên: Sản lượng khai thác (số lượng khoáng sản khai thác thực tế); Giá tính thuế (giá trị tài nguyên tại thời điểm khai thác theo quy định của nhà nước); Thuế suất (% trên giá trị sản lượng khai thác). Mức thuế suất tuỳ vào từng loại khoáng sản, thuế suất thuế tài nguyên dao động từ 3% đến 25%.

Cụ thể hoá những quy định trong Luật Thuế Tài nguyên, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 50/2010/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế Tài nguyên, trong đó làm rõ cách thức tính thuế và các quy định liên quan đến việc xác định sản lượng và giá tính thuế tài nguyên.

Theo đó, sản lượng tài nguyên khai thác chịu thuế là số lượng tài nguyên khoáng sản thực tế đã được khai thác và bán ra hoặc sử dụng để sản xuất. Đối với tài nguyên chưa được bán, nhưng đã qua quá trình chế biến hoặc lưu trữ, sản lượng này vẫn được tính vào cơ sở thuế. Giá tính thuế là giá bán chưa bao gồm thuế giá trị gia tăng tại thị trường địa phương tại thời điểm tính thuế. Nếu tài nguyên không được bán mà được sử dụng cho sản xuất nội bộ, thì giá tính thuế sẽ do cơ quan thuế địa phương quy định trên cơ sở giá trung bình của các tài nguyên tương tự.

Ngày 02/10/2015, Bộ Tài chính cũng đã ban hành Thông tư số 152/2015/TT-BTC hướng dẫn chi tiết việc thực hiện Luật Thuế Tài nguyên và các nghị định liên quan. Thông tư cung cấp các quy định cụ thể về cách tính thuế tài nguyên, thời hạn nộp thuế, cũng như các trường hợp miễn giảm thuế.

Theo đó, Thông tư số 152/2015/TT-BTC quy định rõ một số trường hợp khai thác khoáng sản được miễn hoặc giảm thuế tài nguyên, bao gồm các dự án khai thác ở vùng sâu, vùng xa, hoặc những dự án phục vụ mục đích nghiên cứu khoa học. DN khai thác khoáng sản ở những vùng này có thể được giảm thuế theo tỷ lệ nhất định, giúp giảm gánh nặng tài chính và khuyến khích phát triển. Thuế tài nguyên phải được nộp theo quý, với hạn nộp thuế là ngày 20 của tháng tiếp theo sau quý khai thác. Đối với DN có sản lượng khai thác lớn hoặc phức tạp, cơ quan thuế có thể yêu cầu nộp thuế theo tháng.

Về khung thuế suất và mức thuế suất thuế tài nguyên, thuế suất thuế tài nguyên thể hiện mức độ điều tiết của Nhà nước đối với tài nguyên thiên nhiên nhưng phải đảm bảo công bằng giữa các nhóm tài nguyên.

Luật Thuế tài nguyên đã quy định khung thuế suất thuế tài nguyên đối với từng loại khoáng sản, đồng thời giao Ủy ban Thường vụ Quốc hội quy định mức thuế suất cụ thể. Kể từ khi Luật Thuế tài nguyên có hiệu lực đến nay, Ủy ban Thường vụ Quốc hội căn cứ thẩm quyền được Quốc hội giao tại Luật, đã có 02 lần điều chỉnh mức thuế suất thuế tài nguyên theo Nghị quyết số 712/2013/UBTVQH13 ngày 16/12/2013 và Nghị quyết số 1084/2015/UBTVQH13 ngày 10/12/2015, theo hướng tăng mức thuế suất đối với một số loại tài nguyên, điều này nhằm đảm bảo phù hợp với các nội dung cải cách chính sách thuế tài nguyên theo quy định tại Chiến lược cải cách hệ thống thuế giai đoạn 2011-2020 (ban hành kèm theo Quyết định số 732/QĐ-TTg ngày 17/5/2011 của Thủ tướng Chính phủ), qua đó, thực hiện mục tiêu kép là hạn chế việc khai thác quá mức, gây cạn kiệt nguồn tài nguyên, đồng thời tăng mức động viên từ khai thác tài nguyên vào NSNN, tạo thêm nguồn thu ổn định cho NSNN.

Mức thuế suất tại các lần điều chỉnh đã đảm bảo nằm trong khung thuế suất quy định tại Luật Thuế tài nguyên, được tính toán kỹ lưỡng để không triệt tiêu động lực phát triển của các DN khai khoáng. Tuy nhiên, sau các lần điều chỉnh, thuế suất của một số loại tài nguyên đã gần bằng mức trần trong khung thuế suất. Cụ thể, thuế suất của một số loại tài nguyên đã chạm mức trần, không còn nhiều dư địa để điều chỉnh.

Trong bối cảnh các nguồn lực khoáng sản có hạn, đang bị khai thác một cách thiếu bền vững, Chính phủ đã ban hành nhiều chính sách nhằm khuyến khích khai thác khoáng sản bền vững, trong đó có việc sử dụng nguồn tài nguyên một cách hiệu quả và giảm thiểu tác động tiêu cực đến môi trường. Các doanh nghiệp đầu tư vào công nghệ tiên tiến, giảm thiểu lãng phí tài nguyên và bảo vệ môi trường được khuyến khích qua các ưu đãi về thuế và chính sách hỗ trợ.

Nhìn chung, chính sách thuế tài nguyên khoáng sản không chỉ góp phần bảo đảm nguồn thu ngân sách nhà nước, bình ổn thị trường, mà còn là công cụ tăng cường quản lý tài nguyên; khuyến khích bảo vệ, khai thác, sử dụng hợp lý, tiết kiệm và hiệu quả nguồn tài nguyên khoáng sản hiện có.

Bên cạnh những kết quả đạt được, trong quá trình triển khai thực hiện, chính sách thuế tài nguyên đã phát sinh một số hạn chế, vướng mắc cần phải được nghiên cứu sửa đổi cho phù hợp với thực tiễn hiện nay, qua đó nâng cao hiệu quả và vai trò của sắc thuế nhằm tối ưu hóa hoạt động khai thác và sử dụng tài nguyên, đồng thời đem lại nguồn thu ổn định và bền vững cho ngân sách nhà nước.