Theo Tổng cục Hải quan, hằng năm, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh luôn là đơn vị có số thu ngân sách lớn chiếm hơn 1/3 số thu ngân sách của toàn ngành Hải quan. 

Tuy nhiên, năm 2020, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh cũng là một trong những đơn vị bị ảnh hưởng khá lớn do tác động của dịch Covid-19. Cụ thể, theo thống kê của Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh, từ đầu năm đến nay, kim ngạch nhập khẩu các mặt hàng phục vụ tiêu dùng cũng đã giảm mạnh, đặc biệt là ô tô dưới 9 chỗ ngồi, nhiên liệu, sắt thép, rượu, bia, hàng tiêu dùng phục vụ khách du lịch trong và ngoài nước tác động khiến số thu ngân sách của đơn vị giảm trên 14.000 tỷ đồng.

Theo Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh, số thu ngân sách của đơn vị thực hiện tính đến 15/12/2020 được trên 100.090 tỷ đồng, đạt 87,0% dự toán pháp lệnh được Tổng cục Hải quan giao, giảm 12,4% so với cùng kỳ năm 2019.

Trong những ngày còn lại của năm 2020, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh đang nỗ lực thu ngân sách để đạt kết quả cao nhất. Đơn vị ước thực hiện đến 31/12/2020 sẽ đạt kết quả ngân sách trên 106.000 tỷ đồng, đạt 92,2% dự toán pháp lệnh 115.000 tỷ đồng được Tổng cục Hải quan giao.