Tại Báo cáo kiểm toán chuyên đề việc quản lý, sử dụng đất trong và sau quá trình cổ phần hóa DNNN giai đoạn 2011-2017 tại TP. Cần Thơ theo Công văn số 52/KTNN-TH ngày 01/4/2019, KTNN xác định UBND TP. Cần Thơ cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư (GCNUĐĐT) cho phép miễn tiền thuê đất đối với CTCP In Tổng hợp Cần Thơ 13 năm là chưa phù hợp với quy định, thay vì chỉ được miễn tiền thuê đất 10 năm, đồng thời đưa ra kiến nghị: “UBND TP. Cần Thơ chỉ đạo Cục Thuế kiểm tra, rà soát việc miễn tiền thuê đất của CTCP In Tổng hợp Cần Thơ và Báo cáo KTNN kết quả thực hiện”.

Thực hiện chỉ đạo của UBND TP. Cần Thơ tại Công văn số 1498/UBND-KT ngày 14/5/2019 về việc thực hiện kiến nghị KTNN, Cục Thuế TP. Cần Thơ đã có các Công văn số 2249/CT-QLHKCNTK ngày 27/5/2019 và Công văn số 4171/CT-QLHKDCNTK báo cáo UBND Thành phố xem xét, điều chỉnh chính sách ưu đãi tiền thuê đất tại GCNUĐĐT đã cấp cho Công ty.

KTNN Khu vực V đã tiến hành rà soát việc thực hiện các kiến nghị của KTNN và đã yêu cầu Cục Thuế thực hiện các thủ tục để ban hành Thông báo thu hồi lại số tiền thuê đất đã miễn 03 năm (năm 2011-2014) đối với Công ty.

Thực hiện yêu cầu của KTNN Khu vực V, Cục Thuế đã kiểm tra, rà soát việc miễn tiền thuê đất của Công ty và đã ban hành Quyết định điều chỉnh, Quyết định thu hồi và hủy các quyết định miễn tiền thuê đất; Thông báo về việc nộp tiền thuê đất và tiền chậm nộp tương ứng đã được miễn từ ngày 15/5/2011 đến ngày 14/5/2014 theo kết luận của KTNN.

KTNN Khu vực V đã có Công văn số 744/KV V-TH ngày 20/9/2022 phúc đáp UBND TP. Cần Thơ và CTCP In Tổng hợp Cần Thơ về việc nộp tiền thuê đất truy thu đối với Công ty, như sau:“... Cục Thuế thực hiện truy thu tiền thuê đất đối với tổ chức thuê đất là CTCP In Tổng hợp Cần Thơ và không phụ thuộc người đang nắm giữ vốn điều lệ tại Công ty, nên CTCP In Tổng hợp Cần Thơ phải có trách nhiệm thực hiện ngân sách số tiền truy thu theo Thông báo của Cục Thuế”.

Cục Thuế đã nhiều lần báo cáo UBND Thành phố, làm việc với KTNN nhằm tháo gỡ khó khăn, vướng mắc của Công ty. Tuy nhiên, KTNN Khu vực V đã có văn bản khẳng định không thay đổi kiến nghị kiểm toán tại Báo cáo kiểm toán đã phát hành, CTCP In Tổng hợp Cần Thơ phải có trách nhiệm thực hiện nộp ngân sách số tiền truy thu theo Thông báo của Cục Thuế.

Căn cứ Khoản 1 Điều 7 Luật KTNN năm 2015 (báo cáo kiểm toán của KTNN có giá trị bắt buộc phải thực hiện), Điểm b Khoản 2 Điều 21 Luật Quản lý thuế năm 2019 (Cơ quan quản lý thuế có trách nhiệm tổ chức thực hiện kiến nghị của KTNN) và ý kiến của KTNN khu vực V, Cục Thuế là cơ quan phải thực hiện kiến nghị của KTNN theo Luật KTNN, Luật Quản lý thuế và chỉ đạo UBND Thành phố. Cục Thuế đã thực hiện truy thu tiền thuê đất đúng quy định đối với tổ chức thuê đất là CTCP In Tổng hợp Cần Thơ nên Công ty phải có trách nhiệm nộp tiền thuê đất truy thu theo Thông báo của Cục Thuế.

Cục Thuế đã ban hành các quyết định hành chính để thực hiện kiến nghị KTNN Khu vực V theo đúng quy định của pháp luật. Trường hợp CTCP In Tổng hợp Cần Thơ không đồng ý các quyết định và Thông báo của Cục Thuế TP. Cần Thơ thì có quyền khiếu nại theo pháp luật khiếu nại và khởi kiện hành chính theo Luật tố tụng hành chính. Căn cứ quyết định giải quyết khiếu nại hoặc phán quyết của Tòa án, Cục Thuế sẽ chấp hành bản án, Quyết định của Tòa án.