Theo đó, Đại học quốc gia là cơ sở giáo dục Đại học công lập do Bộ Giáo dục và Đào tạo quản lý, có tư cách pháp nhân, có tài khoản riêng và sử dụng con dấu có hình Quốc huy.

Nghị định xác định rõ Bộ Giáo dục và Đào tạo tiếp tục thực hiện chức năng quản lý nhà nước cùng Bộ Khoa học và Công nghệ, các bộ, ngành khác và Ủy ban Nhân dân các cấp nơi đại học quốc gia đặt địa điểm, trong phạm vi chức năng theo quy định của Chính phủ và phù hợp với pháp luật.

Đặc biệt, Đại học quốc gia có quyền xây dựng Quy chế đào tạo riêng, phát triển chương trình tài năng, tiên tiến, hợp tác quốc tế sâu rộng và kết nối hiệu quả nguồn lực khoa học - công nghệ - đổi mới sáng tạo để thực hiện sứ mệnh phát triển quốc gia.

Đồng thời được trực tiếp điều hành, sử dụng, chia sẻ nguồn lực nội bộ một cách hiệu quả; tự chủ trong việc tuyển dụng giảng viên, chuyên gia quốc tế và hợp tác với doanh nghiệp. Hệ thống quản trị đại học hiện đại được tổ chức phân cấp - phân quyền rõ ràng, gắn trách nhiệm giải trình trước Chính phủ và Thủ tướng Chính phủ với quyền hạn được giao.

Nghị định cũng đã khẳng định Đại học quốc gia được Nhà nước ưu tiên đầu tư phát triển để thực hiện nhiệm vụ phát triển vùng của đất nước.

Đại học quốc gia được ban hành quy định về chế độ làm việc của giảng viên, nghiên cứu viên theo quy định của pháp luật áp dụng trong Đại học quốc gia để thu hút, phát huy nguồn nhân lực chất lượng cao trong nước và quốc tế.

Nghị định cũng quy định về việc trao cho Đại học quốc gia chủ động trong sử dụng nguồn nhân lực để bảo đảm nhu cầu giảng dạy, nghiên cứu khoa học và quản trị doanh nghiệp.

Về tổ chức bộ máy và nhân sự, quản lý tổ chức bộ máy và nhân sự của Đại học quốc gia theo quy định của pháp luật, Quy chế tổ chức và hoạt động của Đại học quốc gia và các cơ sở giáo dục Đại học thành viên; Thực hiện quy trình về công tác nhân sự để báo cáo Bộ Giáo dục và Đào tạo trình Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm chủ tịch hội đồng Đại học quốc gia, giám đốc Đại học quốc gia, phó giám đốc Đại học quốc gia theo quy định của Đảng, pháp luật có liên quan; Trình Bộ Giáo dục và Đào tạo công nhận hội đồng Đại học quốc gia theo quy định của Đảng, pháp luật có liên quan.

Đại học quốc gia quyết định và báo cáo Thủ tướng Chính phủ, Bộ Giáo dục và Đào tạo về việc bổ sung, thay thế các thành viên của hội đồng Đại học quốc gia.

Về công tác tài chính, Đại học quốc gia là đơn vị dự toán cấp I được Thủ tướng Chính phủ giao dự toán ngân sách; thực hiện quản lý thống nhất việc phân bổ, giao dự toán ngân sách cho các đơn vị thành viên, đơn vị thuộc và trực thuộc Đại học quốc gia, chịu trách nhiệm về công tác kế toán, quyết toán ngân sách của đại học quốc gia theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước hiện hành.

Về hoạt động khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo, Đại học quốc gia được đề xuất và thực hiện các chương trình khoa học và công nghệ cấp quốc gia; là một trong những đầu mối nghiên cứu, cung cấp luận cứ khoa học nhằm góp phần xây dựng định hướng, chủ trương, chính sách, chiến lược, kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội của đất nước, bảo đảm quốc phòng, an ninh và hội nhập quốc tế...

Hiện cả nước có 2 Đại học quốc gia là Đại học quốc gia Hà Nội và TP. Hồ Chí Minh. 

Đại học quốc gia Hà Nội được thành lập năm 1993 trên cơ sở tổ chức, sắp xếp lại 3 trường Đại học lớn ở Hà Nội là Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội, Trường Đại học Sư phạm Hà Nội I và Trường Đại học Sư phạm Ngoại ngữ Hà Nội. Hiện đại học này có 9 trường thành viên và một số đơn vị trực thuộc khác.

Đại học quốc gia TP. Hồ Chí Minh được thành lập năm 1995, đến nay có 8 trường Đại học thành viên, một số viện nghiên cứu, các đơn vị trực thuộc.