Theo đó, căn cứ quy định tại Điều 2, Luật thuế Giá trị gia tăng (GTGT) số 13/2008/QH13 ngày 3/6/2008 quy định cụ thể như sau:

Thuế giá trị gia tăng là thuế tính trên giá trị tăng thêm của hàng hóa, địch vụ phát sinh trong quá trình từ sản xuất, lưu thông đến tiêu dùng.

Đối tượng chịu thuế hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh và tiêu dùng ở Việt Nam là đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng, trừ các đối tượng quy định tại Điều 5 của Luật này.

Về thuế suất được quy định gồm: Mức thuế suất 10% áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ không quy định tại khoản 1 và khoản 2 Điều này.”

Tại Luật số 31/2013/QH13 ngày 19/6/2013 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT quy định:

Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau: Thuế giá tri gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuê giá trị gia tăng được khâu trừ toàn bộ, kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hoá, địch vụ chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất;

Bên cạnh đó, tại Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định như sau:

Các trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng: Sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường được bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã, trừ trường họp quy đinh tại Khoản 1 Điều 5 Luật thuế giá trị gia tăng.

Đối tượng không chịu thuế: Đối với các sản phẩm quy định tại Khoản 1 Điều 5 Luật thuế giá trị gia tăng qua sơ chế thông thường là sản phẩm mới được làm sạch phơi, sấy khô, bóc vỏ, tách hạt, cất ướp muối, bảo quản lạnh và các hình thức bảo quản thông thường khác.

Tại khoản 5 Điều 5 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn như sau:

Các trường họp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT

Doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm ừồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản, hải sản chưa chế biển thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Trên hoá đơn GTGT, ghi dòng giá bán là giá không có thuế GTGT, dòng thuế suất và thuế GTGT không ghi, gạch bỏ.

Trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho các đối tượng khác như hộ, cá nhân kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo mức thuế suất 5% hướng dẫn tại khoản 5 Điều 10 Thông tư này.

Hộ, cá nhân kinh doanh, doanh nghiệp, hợp tác xã và tổ chức kinh tể khác nộp thuế GTGT theo phương pháp tính trực tiếp trên GTGT khi bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa qua chế biến thành các sản phẩm.

Sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu kinh doanh thương mại thì kê khai, tính nộp thuế GTGT theo tỷ lệ 1% trên doanh thu.”

Căn cứ các quy định trên, về nguyên tắc:

Thuế GTGT tính trên giá trị tăng thêm của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong quá trình từ sản xuất, lưu thông đến tiêu dùng, đối tượng chịu thuế GTGT là hàng hóa, dịch vụ tiêu dùng tại Việt Nam. Do đó, về bản chất người tiêu dùng hàng hóa, dịch vụ là người nộp tiền thuế GTGT.

Sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản, hải sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường do doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuê GTGT theo phương pháp khấu trừ bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Sản phâm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản, hải sản đã qua chế biến thành sản phẩm khác thuộc đối tượng chịu thuế GTGT 10%. Doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh chịu thuế GTGT.

Căn cứ theo các quy định trên và nội dung cần giải đáp của Công ty cổ phần Đầu tư du lịch và Phát triển thủy sản thì:

Công ty sản xuất sản phẩm “Dầu ăn cao cấp Ranee” được làm từ mỡ cá tinh luyện và dầu biodiesel dùng để chiên, xào và có công dụng như thực phẩm chức năng thì sản phẩm “Dầu ăn cao cấp Ranee” là sản phẩm đã qua chế biến thành sản phẩm khác thuộc đối tượng chịu thuế GTGT thuế suất 10%. Công ty cổ phần Đầu tu du lịch và Phát triển thủy sản được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phục vụ việc sản xuất dầu ăn nêu trên theo quy định.