Với 11,26% khoản đóng góp trong năm 2018 đến từ Anh, Brexit là tổn thất lớn về ngân sách đối với EU. Để bù đắp tổn thất này, EU đã cam kết cắt giảm chi tiêu trong khu vực của Quỹ phát triển khu vực châu Âu (ERDF) và Quỹ xã hội châu Âu (ESF), đồng thời gây sức ép buộc các thành viên giàu có hơn ở Bắc Âu tăng đóng góp ngân sách mỗi năm.

Việc Brussels kêu gọi tăng mức đóng góp ngân sách từ các nước giàu có hơn ở Bắc Âu và duy trì ngân sách ở mức gần 1% tổng thu nhập của liên minh cho thấy ảnh hưởng ngày càng tăng của Đức, Hà Lan, Đan Mạch, Áo và Thụy Điển - “5 nước tiết kiệm” - trong việc duy trì một ngân sách dè dặt hơn để hạn chế chi tiêu khu vực. Nhiều thành viên Nam và Đông Âu bắt đầu phản đối việc tiếp tục cắt giảm chi tiêu.

Các nước Bắc Âu, Nam và Đông Âu cũng bất đồng về các vấn đề kinh tế được ưu tiên thời kỳ hậu Brexit. Trong khi các thành viên ở Bắc Âu tìm cách thu hút ngành công nghiệp tài chính của Anh và duy trì thương mại tự do, Brussels lại phải đối mặt với tình trạng mâu thuẫn về lợi ích giữa các thành viên ở Nam và Đông Âu vốn đang tìm kiếm các thỏa thuận giúp cải thiện tình hình tài chính ngay trong chính đất nước của họ.

Brexit còn làm gia tăng mức độ gay gắt của cuộc tranh luận đang diễn ra giữa các thành viên EU muốn mở rộng liên minh bằng việc kết nạp thêm thành viên mới và các thành viên EU đang tìm cách duy trì quy mô liên minh và tăng cường sự hội nhập giữa các thành viên hiện có.

Sự ra đi của Anh cũng đồng nghĩa với việc EU mất đi nguồn đóng góp lớn nhất vào ngân sách phòng thủ (328 triệu EUR trong năm 2018) và lực lượng vũ trang lớn thứ hai, sau Pháp. Anh làm tăng sức ảnh hưởng cho chính sách đối ngoại của EU với vị thế là thành viên thường trực Hội đồng Bảo an Liên hiệp quốc. Anh ra đi là một đòn giáng vào nghị trình chính sách đối ngoại của EU.

Mối quan hệ đặc biệt mang tính lịch sử của Anh với Mỹ khiến Brussels tin chắc rằng Washington có cùng quan điểm với họ (ở mức độ nào đó) về vấn đề phòng thủ, chính sách đối ngoại và thương mại tự do. Với Brexit và một nước Mỹ thù địch hơn với EU (đe dọa áp thuế, rút quân khỏi Đức), châu Âu buộc phải tìm kiếm các phương án phòng thủ mới.

Tuy nhiên, Brexit cũng mang lại một điểm tích cực. Nhiều người quan ngại rằng Anh rời EU sẽ thúc đẩy các phong trào dân túy, hoài nghi châu Âu có thể gây tổn hại hơn nữa đến sự đoàn kết của khối.

Nhưng theo một khảo sát của Ủy ban châu Âu vào năm 2020, Brexit thực sự đã khơi dậy tinh thần ủng hộ EU trên toàn lục địa, với 61% người được hỏi ở các nước thành viên (ngoại trừ Anh) cho biết trở thành thành viên EU là một điều tốt đẹp, tăng 8% so với kết quả thu được ngay sau cuộc bỏ phiếu về Brexit vào năm 2016.

Niềm tin vào EU đã gia tăng ở tất cả các nước thành viên, đạt tỷ lệ cao nhất kể từ năm 2014. Các đảng bài EU ở Italy, Pháp, Đức, Áo và Hà Lan giờ đổi mới chiến dịch của họ theo hướng tập trung vào “cải cách” và “thay đổi thể chế”.