Theo hợp đồng điều chỉnh số 8219/GTVT-KHĐT ngày 20/12/2007 được ký giữa Bộ Giao thông Vận tải và Công ty cổ phần BOT Quốc lộ 2, dự án có thời gian thu phí hoàn vốn 13 năm 7 tháng và thời gian thu phí tạo lợi nhuận là 3 năm 6 tháng, dự kiến kết thúc vào tháng 1-2025 với giá trị quyết toán phần vốn BOT là 491,2 tỷ đồng, trong đó vốn chủ sở hữu là 156 tỷ đồng.

Tuy nhiên, báo cáo của Tổng cục Đường bộ cho thấy, số thu tại dự án BOT cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 2 đoạn Nội Bài-Vĩnh Yên đã rà soát đến 31/8/2020 là 1.332 tỷ đồng. Do số thu thực tế cao hơn so với số thu theo hợp đồng đã ký nên thời gian thu phí hoàn vốn của dự án rút ngắn so với dự kiến trong hợp đồng.

Sau khi tính toán loại bỏ chi phí bảo toàn vốn trên phần vốn chủ sở hữu trong thời gian khai thác, lợi nhuận vốn chủ sở hữu trong thời gian thi công và tính lại thời gian thu phí tạo lợi nhuận của nhà đầu tư, Tổng cục Đường bộ Việt Nam dự kiến dự án kết thúc việc thu phí vào cuối ngày 13/10/2020.

Dự án BOT cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 2 đoạn Nội Bài-Vĩnh Yên có tổng mức đầu tư Bộ Giao thông Vận tải phê duyệt điều chỉnh là 772,7 tỷ đồng, trong đó vốn BOT là 496,712 tỷ đồng; vốn ngân sách Nhà nước tham vào dự án là 276 tỷ đồng, thời gian bắt đầu thu phí là 15/8/2008.