Theo đó, căn cứ quy định tại Khoản 4 Điều 11 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/06/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế TNDN có quy định về thuế suất ưu đãi 10% trong suốt thời gian hoạt động áp dụng đối với: Thu nhập của doanh nghiệp từ: trồng, chăm sóc, bảo vệ rừng; thu nhập từ trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản ở địa bàn kinh tế xã hội khó khăn; Nuôi trồng lâm sản ở địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn; Sản xuất, nhân và lai tạo giống cây trồng, vật nuôi; Sản xuất, khai thác và tinh chế muối trừ sản xuất muối quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP; Đầu tư bảo quản nông sản sau thu hoạch, bảo quản nông, thủy sản và thực phẩm, bao gồm cả đầu tư để trực tiếp bảo quản hoặc đầu tư để cho thuê bảo quản nông sản, thủy sản và thực phẩm.

Căn cứ Điều 6 Thông tư số 151/2014/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Khoản 3, Điều 20, Thông tư số 78/2014/TT-BTC quy định ưu đãi về thời gian miễn thuế, giảm thuế như sau:

Miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo đối với thu nhập từ thực hiện dự án đầu tư mới quy định tại Khoản 4 Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính và thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới tại Khu công nghiệp (trừ Khu công nghiệp nằm trên địa bàn có điều kiện – kinh tế xã hội thuận lợi).

Địa bàn có điều kiện - kinh tế xã hội thuận lợi quy định tại khoản này là các quận nội thành của đô thị loại đặc biệt, đô thị loại I trực thuộc trung ương và các đô thị loại I trực thuộc tỉnh, không bao gồm các quận của đô thị loại đặc biệt, đô thị loại I trực thuộc trung ương và các đô thị loại I trực thuộc tỉnh mới được thành lập từ huyện kể từ ngày 01/01/2009; trường hợp khu công nghiệp nằm trên cả địa bàn thuận lợi và địa bàn không thuận lợi thì việc xác định ưu đãi thuế đối với khu công nghiệp căn cứ vào vị trí thực tế của dự án đầu tư trên thực địa.

Việc xác định đô thị loại đặc biệt, loại I quy định tại khoản này thực hiện theo quy định tại Nghị định 42/2009/NĐ-CP ngày 07/5/2009 của Chính phủ quy định về phân loại đô thị và văn bản sửa đổi Nghị định này (nếu có).

Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC quy định điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp:

Một là, các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo kê khai.

Hai là, trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nếu doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp phải tính riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm mức thuế suất ưu đãi, mức miễn thuế, giảm thuế) và thu nhập từ hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế để kê khai nộp thuế riêng.

Ba là, trường hợp trong kỳ tính thuế, doanh nghiệp không tính riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế và thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế thì phần thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế xác định bằng (=) tổng thu nhập tính thuế nhân (x) với tỷ lệ phần trăm (%) doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế so với tổng doanh thu hoặc tổng chi phí được trừ của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế.

Bốn là, trường hợp có khoản doanh thu hoặc chi phí được trừ không thể hạch toán riêng được thì khoản doanh thu hoặc chi phí được trừ đó xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động sản xuất, kinh doanh hưởng ưu đãi thuế trên tổng doanh thu hoặc chi phí được trừ của doanh nghiệp.

Theo Điều 10 Thông tư 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 Sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 5 Thông tư số 151/2014/TT-BTC) như sau:

Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại Điều 15, Điều 16 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP là: Dự án đầu tư độc lập với dự án doanh nghiệp đang hoạt động (kể cả trường hợp dự án có vốn đầu tư dưới 15 tỷ đồng Việt Nam và không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện) có Giấy chứng nhận đầu tư từ ngày 01/01/2014 để thực hiện dự án đầu tư độc lập này; Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định phải được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc được phép đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

Trường hợp trong kỳ tính thuế đầu tiên mà dự án đầu tư của doanh nghiệp (bao gồm cả dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng, doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao) có thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế dưới 12 (mười hai) tháng, doanh nghiệp được lựa chọn hưởng ưu đãi thuế đối với dự án đầu tư ngay từ kỳ tính thuế đầu tiên đó hoặc đăng ký với cơ quan thuế thời gian bắt đầu được hưởng ưu đãi thuế từ kỳ tính thuế tiếp theo.

Trường hợp doanh nghiệp đăng ký thời gian ưu đãi thuế vào kỳ tính thuế tiếp theo thì phải xác định số thuế phải nộp của kỳ tính thuế đầu tiên để nộp vào Ngân sách Nhà nước theo quy định.

Theo khoản 6 Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC quy định như sau: Thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi quy định tại Điều này được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp có doanh thu từ dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế.

Khoản 2 Điều 12 Thông tư 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 sửa đổi, bổ sung Khoản 4 Điều 20 Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau: Thời gian miễn thuế, giảm thuế quy định tại Điều này được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế.

Trường hợp doanh nghiệp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư mới thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư dự án đầu tư mới phát sinh doanh thu.

Căn cứ Điều 13 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/06/2014 của Bộ Tài chính có quy định như sau:

Số thuế thu nhập doanh nghiệp tính nộp ở tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc được xác định bằng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ nhân (x) tỷ lệ chi phí của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc với tổng chi phí của doanh nghiệp.

Tỷ lệ chi phí được xác định bằng tỷ lệ chi phí giữa tổng chi phí của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc với tổng chi phí của doanh nghiệp. Tỷ lệ chi phí được xác định như sau: Tỷ lệ chi phí của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc, Tổng chi phí của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc, Tổng chi phí của doanh nghiệp.

Số liệu để xác định tỷ lệ chi phí được căn cứ vào số liệu quyết toán thuế thu nhập của doanh nghiệp năm trước liền kề năm tính thuế do doanh nghiệp tự xác định để làm căn cứ xác định số thuế phải nộp và được sử dụng để kê khai, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp cho các năm sau.

Trường hợp doanh nghiệp đang hoạt động có các cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc ở các địa phương, số liệu để xác định tỷ lệ chi phí của trụ sở chính và các cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc do doanh nghiệp tự xác định căn cứ theo số liệu quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2008 và tỷ lệ này được sử dụng ổn định từ năm 2009 trở đi.

Trường hợp doanh nghiệp mới thành lập, doanh nghiệp đang hoạt động có thành lập thêm hoặc thu hẹp các cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc ở các địa phương thì doanh nghiệp phải tự xác định tỷ lệ chi phí cho kỳ tính thuế đầu tiên đối với các trường hợp có sự thay đổi này. Từ kỳ tính thuế tiếp theo tỷ lệ chi phí được sử dụng ổn định theo nguyên tắc nêu trên.

Điều 16 Thông tư số 151/2014/TT-BTC Sửa đổi Điều 12 Thông tư số 156/2013/TT-BTC quy định nhiệm nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp cho cơ quan thuế như sau:

Thứ nhất, người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Thứ hai: trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc hạch toán độc lập thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp phát sinh tại đơn vị trực thuộc cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị trực thuộc.

Thứ ba: trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc nhưng hạch toán phụ thuộc thì đơn vị trực thuộc đó không phải nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp; khi nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp, người nộp thuế có trách nhiệm khai tập trung tại trụ sở chính cả phần phát sinh tại đơn vị trực thuộc.

Thứ tư: trường hợp người nộp thuế có cơ sở sản xuất (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) hạch toán phụ thuộc hoạt động tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với địa bàn nơi đơn vị đóng trụ sở chính thì khi nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp, người nộp thuế có trách nhiệm khai tập trung tại trụ sở chính cả phần phát sinh tại nơi có trụ sở chính và ở nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc.”

Căn cứ các quy định trên, trường hợp chi nhánh của Công ty thành lập theo giấy chứng nhận đăng ký đầu tư với mã số dự án 54112175468 ngày 04/7/2016 do Ban quản lý các KCN tỉnh Bắc Ninh cấp, hạch toán phụ thuộc , đi vào hoạt động chính thức tháng 9/2017 thì:

Về thời gian: Dự án thành lập trong khu công nghiệp, đáp ứng quy định tại Khoản 3 Điều 20 Thông tư số 78/2014/TT-BTC, được Miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo đối với thu nhập từ thực hiện dự án đầu tư mới tại Khu công nghiệp.

Về thuế suất: Trong chi tiết mục tiêu dự án có ngành nghề kinh doanh cho thuê kho lạnh để lưu trữ và bảo quản các mặt hàng là nông sản, thủy sản và thực phẩm thì thu nhập từ hoạt động này được hưởng ưu đãi thuế TNDN với thuế suất 10% trong suốt thời gian hoạt động.

Về nộp thuế TNDN tại chi nhánh: Thực hiện theo quy định tại Điều 13 Thông tư số 78/2014/TT-BTC và Điều 16 Thông tư số 151/2014/TT-BTC.

Trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nếu chi nhánh Công ty thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì chi nhánh Công ty phải tính riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh và thu nhập từ hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế để kê khai nộp thuế riêng theo hướng dẫn tại Khoản 2 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/06/2014 của Bộ Tài chính.