Theo đó, Tổng cục Thuế cho biết, căn cứ quy định tại khoản 6 Điều 4 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn đối tượng không chịu thuế GTGT.

Tại Điều 11 Thông tư số 06/2012/TT-BTC nêu trên hướng dẫn về thuế suất 10%: “Điều 11. Thuế suất 10%

Thuế suất 10% áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ không được quy định tại Điều 4, Điều 9 và Điều 10 Thông tư này.”

Tại khoản 9 Điều 7 Thông tư số 06/2012/TT-BTC nêu trên hướng dẫn về giá tính thuế GTGT: “9. Đối với hoạt động kinh doanh bất động sản, giá tính thuế là giá chuyển nhượng bất động sản trừ (-) giá đất được trừ để tính thuế GTGT.

Giá đất được trừ để tính thuế GTGT được quy định cụ thể trong các trường hợp như sau:

Một là, trường hợp cơ sở kinh doanh nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất của các tổ chức, cá nhân thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất bao gồm cả giá trị cơ sở hạ tầng;

Hai là, cơ sở kinh doanh không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của cơ sở hạ tầng đã tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế GTGT;

Ba là, trường hợp không xác định được giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá đất do Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định tại thời điểm ký hợp đồng nhận chuyển nhượng.

Theo trình bày tại Công văn số 67/CV-SEA/2016 của Công ty và hồ sơ gửi kèm theo thì quyền sử dụng đất có nguồn gốc là nhận chuyển nhượng năm 1987 và sau đó được chuyển thành giá trị phần vốn nhà nước tại doanh nghiệp khi cổ phần hóa năm 2006 nhưng theo hợp đồng mua bán tài sản bán đấu giá số 191/HĐ-MB ngày 24/9/2013 thì tình trạng pháp lý của quyền sử dụng đất là tài sản của nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất.

Vì vậy, đề nghị Công ty làm rõ nguồn gốc quyền sử dụng đất và liên hệ với Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh để được hướng dẫn cụ thể.