Về vấn đề này, Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh có ý kiến như sau:

Căn cứ Khoản 3, Điều 20 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ quy định về xử lý đối với hóa đơn đã lập thì:

Đối với trường hợp hóa đơn đã lập và giao cho người mua, đã giao hàng hóa, cung ứng dịch vụ, người bán và người mua đã kê khai thuế, sau đó phát hiện sai sót thì người bán và người mua phải lập biên bản hoặc có thỏa thuận bằng văn bản ghi rõ sai sót, đồng thời người bán lập hóa đơn điều chỉnh sai sót.

Hóa đơn ghi rõ điều chỉnh (tăng, giám) số lượng hàng hóa, giá bán, thuế suất thuế giá trị gia tăng…, tiền thuế giá trị gia tăng cho hóa đơn số…, ký hiệu… Căn cứ vào hóa đơn điều chỉnh, người bán và người mua kê khai điều chỉnh doanh số mua, bán, thuế đầu ra, đầu vào. Hóa đơn điều chỉnh không được ghi số âm (-)".

Theo Khoản 2, Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính bổ sung Khoản 3a vào Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT quy định đối tượng không chịu thuế GTGT, "3a. Phân bón là các loại phân hữu cơ và phân vô cơ như: phân lân, phân đạm (urê), phân NPK, phân đạm hỗn hợp, phân phốt phát, bồ tạt; phân vi sinh và các loại phân bón khác;...

Máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp gồm: máy cày; máy bừa; máy phay; máy rạch hàng; máy bạt gốc; thiết bị san phẳng đồng ruộng; máy gieo hạt; máy cấy; máy trồng mía; hệ thống máy sản xuất mạ thảm; máy xới, máy vun luống, máy vãi, rắc phân, bón phân; máy, bình phun thuốc bảo vệ thực vật; máy thu hoạch lúa, ngô, mía, cà phê, bông; máy thu hoạch củ, quả, rễ; máy đốn chè, máy hái chè; máy tuốt đập lúa; máy bóc bẹ tẽ hạt ngô; máy tẽ ngô; máy đập đậu tương; máy bóc vỏ lạc; xát vỏ cà phê; máy, thiết bị sơ chế cà phê, thóc ướt; máy sấy nông sản (lúa, ngô, cà phê, tiêu, điều...), thủy sản; máy thu gom, bốc mía, lúa, rơm rạ trên đồng; máy ấp, nở trứng gia cầm; máy thu hoạch cỏ, máy đóng kiện rơm, cỏ; máy vắt sữa và các loại máy chuyên dùng khác”.

Căn cứ Công văn số 1677/BTC-CST ngày 29/1/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT đối với máy móc, thiết bị chuyên dùng cho sản xuất nông nghiệp và ngày 9/9/2016 Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có Công văn số 2347/SNN-NN xác định là thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp thì kể từ ngày 1/1/2015, mặt hàng trục chà lúa thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Trường hợp từ ngày 1/1/2015, khi bán mặt hàng trục chà lúa Công ty đã lập hóa đơn GTGT và áp dụng thuế suất 10% thì hai bên mua, bán phải lập biên bản ghi rõ sai sót, đồng thời Công ty lập hoá đơn điều chỉnh giảm thuế suất từ 10% thành không chịu thuế GTGT theo hướng dẫn tại Khoản 3, Điều 20 Thông tư số 39/2014/TT-BTC nêu trên.