Ông Huỳnh Minh Nhựt và ông Huỳnh Văn Nghĩa còn là chủ sở hữu thửa đất mà Công ty TNHH Xăng Dầu Huỳnh Lộc mượn để xây dựng cửa hàng bán lẻ xăng dầu (có lập hợp đồng cho mượn đất và có quyền sở hữu công trình cửa hàng xăng dầu trên đất).

Khi xây dựng cửa hàng xăng dầu, Công ty đã mua một số vật liệu xây dựng, thiết bị lắp đặt (có hóa đơn GTGT) hình thành tài sản cố định là cửa hàng xăng dầu và đã thanh toán cho người bán bằng chuyển khoản qua ngân hàng đối với những hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên. Công ty đã kê khai thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của các hóa đơn này và trích khấu hao tài sản cố định tính vào chi phí được trừ.

Sau đó ông Huỳnh Minh Nhựt và ông Huỳnh Văn Nghĩa chuyển nhượng thửa đất trên cho Công ty CP Nhiên liệu Đồng Tháp trong đó có cửa hàng xăng dầu trên đất. Công ty đã lập hóa đơn GTGT xuất bán tài sản cố định của Công ty là cửa hàng xăng dầu, kê khai nộp thuế GTGT đầu ra và lập thủ tục giải thể doanh nghiệp.

Ngày 6/3/2017, Chi cục Thuế huyện Châu Thành ra quyết định kiểm tra Công ty Huỳnh Lộc và kết luận số thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định là cửa hàng xăng dầu trên đất không có Giấy chứng nhận sở hữu mang tên Công ty nên không đồng ý cho khấu trừ thuế, không công nhận chi phí trích khấu hao tài sản cố định là chi phí được trừ khi tính thu nhập chịu thuế.

Công ty đã gửi văn bản đến Cục Thuế Đồng Tháp đề nghị giải đáp vướng mắc và được trả lời: “…Căn cứ vào quy định trên và Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất và quyền sở hữu tài sản gắn liền với đất gửi kèm theo thì cửa hàng xăng dầu thuộc quyền sở hữu của ông Huỳnh Minh Nhựt và ông Huỳnh Văn Nghĩa. Vì vậy, Công ty TNHH Xăng Dầu Huỳnh Lộc không được trích khấu hao tài sản cố định (cửa hàng xăng dầu) khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp. Các hóa đơn mua vật liệu xây dựng và thiết bị nếu không ghi đúng tên Công ty TNHH Xăng Dầu Huỳnh Lộc thì Công ty không được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào”.

Chi cục Thuế huyện Châu Thành không thống nhất với kết luận trên nên đã gửi văn bản đến Cục Thuế Đồng Tháp. Qua đó, Cục Thuế Đồng Tháp trả lời Chi cục thuế Châu Thành và Công ty như sau: “…Theo hướng dẫn trên thì các hóa đơn mua vật liệu xây dựng và thiết bị nếu ghi đúng tên Công ty TNHH Xăng Dầu Huỳnh Lộc thì Công ty được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Tuy nhiên, các hóa đơn mua vật liệu xây dựng và thiết bị nêu trên để hình thành tài sản cố định, nhưng tài sản cố định do cá nhân đứng tên chủ sở hữu thì các hóa đơn trên Công ty TNHH Xăng Dầu Huỳnh Lộc không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào”.

Theo Công ty TNHH Xăng Dầu Huỳnh Lộc, trả lời của Cục Thuế Đồng Tháp tại hai văn bản trên không thống nhất khiến Công ty không biết thực hiện theo quy định nào.

Qua Hệ thống tiếp nhận, trả lời kiến nghị của doanh nghiệp, Công ty TNHH Xăng Dầu Huỳnh Lộc đề nghị Bộ Tài chính xem xét giải quyết để Công ty được thực hiện đúng quy định của pháp luật.

Về vấn đề này, Tổng cục Thuế - Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

Căn cứ quy định Khoản 6, Điều 1 Luật Thuế GTGT số 31/2013/QH13 ngày 19/6/2013; Điều 9, Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế GTGT (và các văn bản thay thế: Nghị định số 91/2014/NĐ-CP và Nghị định số 12/2015/NĐ-CP) quy định về việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Căn cứ hướng dẫn tại Khoản 1 và Khoản 3 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng hướng dẫn về nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào;

Căn cứ hướng dẫn tại Khoản 10, Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn về điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào; Điểm h, Khoản 2.2, Điều 6 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp hướng dẫn về các khoản chi được trừ đối với khấu hao công trình trên đất.

Căn cứ nội dung trình bày của Công ty TNHH Xăng Dầu Huỳnh Lộc tại văn bản ngày 16/5/2017, Công ty TNHH Xăng Dầu Huỳnh Lộc không trình bày đầy đủ thông tin và không gửi kèm các tài liệu liên quan về việc hợp đồng cho mượn đất, tài liệu chứng minh quyền sở hữu công trình cửa hàng xăng dầu trên đất và giấy phép xây dựng được cấp để xây dựng cửa hàng xăng dầu có phù hợp với các quy định của cơ quan quản lý Nhà nước về xây dựng không.

Vì vậy, đề nghị Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp kiểm tra, rà soát hợp đồng mượn đất của Công ty TNHH Xăng Dầu Huỳnh Lộc; đối chiếu và xem xét tính phù hợp của việc xây dựng cửa hàng xăng dầu với các quy định hiện hành của cơ quan quan lý Nhà nước về xây dựng; xác định quyền sở hữu tài sản để phục vụ cho hoạt động kinh doanh xăng dầu trong thời gian mượn đất; kiểm tra, xem xét các hồ sơ, tài liệu, chứng từ, hóa đơn và sổ sách kế toán quản lý, theo dõi hạch toán công trình xây dựng cửa hàng xăng dầu của Công ty TNHH Xăng Dầu Huỳnh Lộc để xem xét tính tuân thủ, phù hợp theo quy định hiện hành về quản lý tài sản cố định để từ đó hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện theo quy định.