Những năm gần đây, công tác quyết toán vốn đầu tư dự án hoàn thành đã có tiến bộ và từng bước đi vào nề nếp. Tuy nhiên, tình trạng vi phạm quy định về quyết toán vẫn còn xảy ra ở nhiều dự án (năm 2012 vẫn còn trên 15.000 dự án, chiếm 25,6%/tổng số dự án hoàn thành đã đưa vào sử dụng, chậm nộp báo cáo quyết toán, chậm phê duyệt quyết toán theo quy định), gây ảnh hưởng đến việc quản lý vốn đầu tư của Nhà nước, gây nợ đọng xây dựng cơ bản kéo dài, không tất toán được tài khoản của dự án, không hạch toán tăng tài sản kịp thời cũng như việc theo dõi, quản lý tài sản sau đầu tư.