Thanh tra thuế chuyên ngành cũng phát hiện số 45.389 doanh nghiệp (DN) vi phạm. Tổng số kiến nghị thu hồi là 29.763,78 tỷ đồng. Số tiền xử phạt vi phạm là 9.536,4 tỷ đồng; tổng số tiền đã thu là 34.411,69 tỷ đồng.

Trong số 49.200 cuộc thanh tra, có 1.517 cuộc thanh tra hành chính (1.381 cuộc thanh tra theo kế hoạch và 136 cuộc thanh tra đột xuất);  47.975 cuộc thanh tra chuyên ngành (thành lập đoàn thanh tra là 31.802 cuộc, thanh tra độc lập là 16.395 cuộc).

Việc thực hiện công khai kết luận thanh tra đã được ngành Thuế thực hiện đảm bảo theo đúng quy trình thanh tra thuế. Kết luận thanh tra được công bố tại cơ quan Thuế hoặc trụ sở DN với đầy đủ nội dung kết luận thanh tra, kiến nghị xử lý truy thu về thuế (nếu có). Thời gian công khai kết luận thanh tra chậm nhất trong vòng 10 ngày kể từ ngày ký ban hành kết luận thanh tra.

Tuy đạt nhiều kết quả, song, Tổng cục Thuế cũng thẳng thắn nhìn nhận nhiều tồn tại và hạn chế trong quá trình triển khai công tác thanh tra. Cụ thể như: Hiệu quả thanh tra hàng năm có tăng nhưng chưa cao; lực lượng thanh tra chuyên ngành thuế còn hạn chế; việc luân chuyển cán bộ làm công tác thanh tra sang các bộ phận khác và từ các bộ phận khác về thanh tra đã gây lãng phí nguồn lực thanh tra, chi phí đào tạo. Ngoài ra, cơ sở dữ liệu về doanh nghiệp của cơ quan Thuế còn hạn chế, dẫn đến việc phân tích, đánh giá hồ sơ khai thuế chưa sâu, chưa phát hiện các thủ đoạn gian lận của doanh nghiệp ngay từ khâu kiểm tra hồ sơ khai thuế...

Để khắc phục, đại diện Tổng cục Thuế cho rằng cần phải sửa đổi, bổ sung Luật Thanh tra theo hướng cần có chế tài cụ thể đủ mạnh để xử phạt, xử lý các đối tượng thanh tra, cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan khi không chấp hành kết luận của cơ quan thanh tra; có quy định cụ thể trách nhiệm báo cáo, thông tin về quá trình thực hiện kết luận, kiến nghị thanh tra để việc theo dõi, giám sát đạt hiệu quả hơn; cụ thể hóa các quy định về thanh tra chuyên ngành với tính đặc thù riêng để phù hợp, giảm thời gian, chi phí và nâng cao hiệu quả thanh tra.

Để có thể sửa đổi, bổ sung những nội dung trên, theo Tổng cục Thuế, cần nâng cao hiệu quả công tác lãnh đạo, chỉ đạo điều hành về tuyên truyền pháp luật và đẩy mạnh hoạt động tuyên truyền pháp luật thanh tra nhằm nâng cao nhận thức về các quy định pháp luật thanh tra cho các cán bộ làm công tác thanh tra; tăng cường chỉ đạo phối hợp giữa cơ quan Thuế với các ngành, các cấp trong công tác thanh tra; tăng cường công tác giám sát, kiểm tra việc thực hiện quy định về thanh tra chuyên ngành thuế của cơ quan cấp trên đối với cơ quan cấp dưới.

Cùng với đó, cần phải kiện toàn và bổ sung nguồn nhân lực cho công tác thanh tra chuyên ngành thuế; thường xuyên tổ chức các lớp đào tạo, tập huấn về kỹ năng thanh tra, lớp thanh tra chuyên ngành; hạn chế việc luân chuyển đối với cán bộ làm công tác thanh tra chuyên ngành nhằm đảm bảo tính chuyên môn, nghiệp vụ. Đặc biệt, Tổng cục Thuế đề xuất giao chức năng điều tra cho cơ quan Thuế để hỗ trợ cho công tác thanh tra chuyên ngành đạt hiệu quả hơn.