Đối với trường hợp của DN, Tổng cục Hải quan cho biết, căn cứ Khoản 5, Điều 114 Thông tư 38/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định: “Hàng hóa NK đã nộp thuế XK để sản xuất hàng hóa XK ra nước ngoài hoặc xuất vào khu phi thuế quan được hoàn thuế NK tương ứng với tỷ lệ sản phẩm thực tế XK và không phải nộp thuế XK đối với hàng hóa XK có đủ điều kiện xác định là được chế biến từ toàn bộ nguyên liệu, vật tư NK”.

Theo đó, tại Khoản 3, Điều 128 Thông tư 38/2015/TT-BTC cũng quy định trường hợp hàng hóa XK có đủ điều kiện xác định được chế biến từ toàn bộ nguyên liệu NK thuộc đối tượng không phải nộp thuế XK theo quy định thì hồ sơ xét bao gồm: Công văn đề nghị, số tờ khai hải quan hàng hóa, số chứng từ thanh toán.

Tuy nhiên, tại Khoản 2, Điều 41 Nghị định 83/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định hàng hóa dịch vụ trong bộ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng theo quy định hoặc người nộp thuế còn nợ chứng từ thanh toán qua ngân hàng tại thời điểm nộp hồ sơ đề nghị cơ quan Hải quan hoàn thuế thì hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

Phân tích trường hợp này, Tổng cục Hải quan cho rằng, trường hợp mặt hàng XK có thuế XK thì DN phải nộp thuế XK (hoặc thực hiện bảo lãnh) theo quy định. Đồng thời, DN phải nêu rõ số chứng từ thanh toán đối với trường hợp đã thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng.

Trường hợp không thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng hoặc còn nợ chứng từ thanh toán qua ngân hàng tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế thì cơ quan Hải quan thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

Đối với 15% số tiền thuế XK đã nộp, DN được hoàn theo quy định tại Điều 49 Thông tư 38/2015/TT-BTC. Việc xử lý số tiền thuế nộp thừa sau khi ban hành quyết định hoàn thuế thực hiện theo quy định tại Điều 132 Thông tư 38/2015/TT-BTC.