Theo quy định tại Thông tư 110/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế, có hiệu lực từ ngày 10/9/2015, người nộp thuế lập và gửi hồ sơ đề nghị hoàn đến cơ quan Thuế thông qua một trong các hình thức sau: Đối với hồ sơ khai thuế đã có nội dung khai đề nghị hoàn thuế, thực hiện đồng thời với việc lập và gửi hồ sơ khai thuế điện tử.

Đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế là giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách Nhà nước và các tài liệu kèm theo: Gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, người nộp thuế truy cập vào Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế; thực hiện lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế, ký điện tử và gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử đến Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế thông qua tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN. Sau khi nhận được hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế, tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN có trách nhiệm gửi ngay hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế đến Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế, thông báo để xác nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế đã được gửi đến cơ quan Thuế hoặc lý do không nhận hồ sơ cho người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Trường hợp người nộp thuế thực hiện gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế qua tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN, Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế gửi thông báo đến tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN để tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN gửi cho người nộp thuế. Theo quy định của Bộ Tài chính, cơ quan Thuế có trách nhiệm giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế đã tiếp nhận bằng phương thức điện tử theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn.

Kết quả giải quyết hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế được cơ quan Thuế gửi cho người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (là các thông báo, quyết định liên quan đến quá trình giải quyết hoàn thuế, kết quả giải quyết hoàn thuế của cơ quan thuế đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế).

Cơ quan Thuế gửi quyết định hoàn thuế hoặc quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách Nhà nước cho người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc của tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN; đồng thời gửi quyết định hoàn thuế và lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách Nhà nước hoặc quyết định hoàn thuế và lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách Nhà nước cho Kho bạc Nhà nước bằng phương thức điện tử.

Kho bạc Nhà nước thực hiện hạch toán hoàn trả, hạch toán bù trừ thu ngân sách nhà nước và chuyển tiền hoàn thuế vào tài khoản của người nộp thuế tại ngân hàng theo thông tin cơ quan Thuế cung cấp theo quy định hiện hành.