Tổng cục Thuế nhận được công văn số 8377/VPCP-ĐMDN ngày 18/9/2019 của Văn phòng Chính phủ chuyển kiến nghị của Công ty Cổ phần Khai thác đá số 1 Hương Trà về việc hoàn thuế giá trị gia tăng. 

Về vấn đề này, Tổng cục Thuế cho biết, tại Điều 1 Luật số 31/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT số 13/2008/QH12 quy định, cơ sở kinh doanh nộp thuếGTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT...

Đồng thời, theo quy định tại Điểm 2 Khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP sửa đổi Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP về việc hoàn thuế GTGT với dự án đầu tư; Căn cứ quy định tại Điểm 2, Điểm 3 Khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC sửa đổi Điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC về hoàn thuế GTGT với dự án đầu tư, các cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư" và "Cơ sở kinh doanh đang hoạt động có dự án đầu tư mới khác tỉnh, thành phố" đang trong giai đoạn đầu tư, nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo quy định.

Như vậy, đối với dự án đầu tư thì số thuế GTGT được hoàn là số thuế GTGT của dự án đầu tư phát sinh trong giai đoạn đầu tư.

Riêng đối với trường hợp "cơ sở kinh doanh hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư mở rộng" và "cơ sở kinh doanh hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư cùng tỉnh, thành phố với nơi đóng trụ sở chính", thực hiện Kết luận của Kiểm toán Nhà nước, Tổng cục Thuế đang báo cáo cấp có thẩm quyền để xem xét xử lý theo quy định.