Theo đó, Kho bạc nhà nước (KBNN) có trách nhiệm phối hợp chặt chẽ với cơ quan Thuế đồng cấp trong việc khấu trừ thu thuế giá trị gia tăng các công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn Ngân sách Nhà nước trên địa bàn, đồng thời hạch toán thu Ngân sách Nhà nước đối với số thuế giá trị gia tăng đã khấu trừ theo nguyên tắc: Công trình xây dựng cơ bản phát sinh tại địa phương cấp tỉnh nào thì số thuế giá trị gia tăng khấu trừ sẽ được hạch toán vào thu ngân sách của địa phương cấp tỉnh đó.

Đối với các công trình liên tỉnh thì chủ đầu tư phải tự xác định doanh thu công trình chi tiết theo từng tỉnh gửi Kho bạc Nhà nước khấu trừ thuế giá trị gia tăng và hạch toán thu ngân sách cho từng tỉnh.

Đối với các công trình liên huyện, nếu xác định được doanh thu công trình chi tiết theo từng huyện thì số thuế giá trị gia tăng khấu trừ sẽ được Kho bạc Nhà nước hạch toán vào thu ngân sách của từng huyện tương ứng với số phát sinh doanh thu công trình. Đối với các công trình liên huyện mà không xác định được chính xác doanh thu công trình chi tiết theo từng địa bàn huyện thì chủ đầu tư xác định tỷ lệ doanh thu của công trình trên từng địa bàn gửi Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng; trường hợp chủ đầu tư không xác định được tỷ lệ doanh thu của công trình trên từng địa bàn thì giao Cục trưởng Cục thuế xem xét quyết định.