Tại Điểm 2(a) Điều 16 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 và Nghị định số 04/2014/NĐ-CP ngày 17/1/2014 của Chính phủ quy định về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ quy định về ngày lập hóa đơn trong một số trường hợp:

“Ngày lập hóa đơn đối với bán hàng hóa là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền.”

Tại điểm 1 Điều 6 Thông tư số 123/2012/TT-BTC ngày 27/7/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế TNDN số 14/2008/QH12 và hướng dẫn thi hành Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11/12/2008, Nghị định số122/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật thuế TNDN quy định các khoản chi được trừ khi xác định thuế TNDN nếu đáp ứng đủ các điều kiện sau:

“Khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của DN;

Khoản chi có đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật.”

Tại điểm 2.27 khoản 2 Điều 6 Thông tư số 123/2012/TT-BTC nêu trên quy định về các khoản chi không được trừ khi tính thuế TNDN gồm: “các khoản chi không tương ứng với doanh thu tính thuế”.

Theo báo cáo của Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam thì hoạt động kinh doanh xăng dầu của Tập đoàn là một chuỗi thống nhất, kết quả kinh doanh xăng dầu toàn Tập đoàn được xác định cả chuỗi từ khâu nhập khẩu đến khâu bán ra tại các Công ty xăng dầu thành viên (do Tập đoàn nắm giữ 100% vốn). Việc xác định chi phí sau điểm giao hàng tại kho trung tâm của Tập đoàn là chi phí của Công ty xăng dầu thành viên hay của Tập đoàn sẽ tương ứng làm tăng hoặc giảm lãi gộp tại Tập đoàn hoặc các Công ty xăng dầu thành viên, nhưng tính trong tổng thể cả chuỗi thì không thay đổi.

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp quá trình vận động hàng hóa, hạch toán nguồn hàng, chi phí giữa Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam với các Công ty xăng dầu thành viên do Tập đoàn nắm giữa 100% vốn không làm thay đổi kết quả kinh doanh xăng dầu trong tổng thể cả chuỗi từ khâu nhập khẩu đến khâu bán ra của Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam và các Công ty xăng dầu thành viên, trong kỳ tính thuế các năm 2012, 2013, 2014, 2015, nếu Công ty Xăng dầu Vĩnh Long đã tính vào chi phí tính thuế TNDN đối với khoản chi phí hao hụt xăng dầu trong khâu vận chuyển tạo nguồn từ kho của Tập đoàn về tồn chứa tại kho của Công ty Xăng dầu Vĩnh Long và chi phí khấu hao tài sản cố định các bể chứa thuộc kho của Công ty Xăng dầu Vĩnh Long thì không thực hiện điều chỉnh lại.

Từ năm 2016, Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam điều chỉnh hoạt động kinh doanh xăng dầu giữa Tập đoàn với các Công ty thành viên để thực hiện đúng các quy định pháp luật về thuế.