Cụ thể, đối với công tác kiểm tra hồ sơ khai thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, Tổng cục Thuế yêu cầu phải đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin trong việc kiểm tra hồ sơ khai thuế.

Đối với hồ sơ khai thuế theo tháng, quý, phải thực hiện kiểm tra 100% hồ sơ khai thuế; áp dụng công nghệ thông tin để đánh giá mức độ rủi ro của hồ sơ khai thuế.

Đối với hồ sơ khai thuế, quyết toán năm, cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương tập trung kiểm tra hồ sơ khai thuế, quyết toán năm liền kề (2018,2019). Áp dụng bộ tiêu chí tĩnh và bổ sung tiêu chí động về đánh gía tình hình biến động các tiêu chí tài chính, tài sản, kết quả kinh doanh, hành vi phổ biến trên địa bàn… để đánh giá mức độ rủi ro cao, vừa, thấp để thực hiện kiểm tra.

Đối với hồ sơ rủi ro thấp thì thực hiện kiểm tra, lưu hồ sơ theo quy định. Bộ phận thanh, kiểm tra thuế lập danh sách hồ sơ có rủi ro vừa trình thủ trưởng cơ quan thuế ký thông báo đề nghị doanh nghiệp giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo quy định. Đối với hồ sơ rủi ro cao thì thực hiện lập danh sách người nộp thuế kiểm tra và giám sát trọng điểm về thuế báo cáo lãnh đạo bộ phận thanh tra kiểm tra để trình thủ trưởng cơ quan thuế kế hoạch thực hiện phân tích chuyên sâu, kiểm tra và giám sát trọng điểm tại trụ sở cơ quan thuế.

Cơ quan thuế phải khuyến khích người nộp thuế gửi thông báo, tiếp nhận thông tin giải trình thông qua phương thức điện tử qua Cổng thông tin của Tổng cục Thuế hoặc email, điện thoại…

Tổng cục Thuế cũng yêu cầu, đối với kế hoạch thanh tra, kiểm tra năm 2020 tại trụ sở doanh nghiệp đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt, trên cơ sở kế hoạch thanh, kiểm tra, cơ quan Thuế thực hiện phân tích rủi ro của người nộp thuế trên ứng dụng TPR sau khi cập nhật hồ sơ khai thuế mới nhất (năm 2019) với điểm rủi ro khi lập kế hoạch thanh, kiểm tra lần đầu; so sánh tổng doanh thu của hàng hoá dịch vụ bán ra trên tờ khai thuế giá trị gia tháng 6 tháng đầu năm 2020 với cùng kỳ năm trước để xác định mức độ rủi ro cao, vừa, thấp và thực hiện điều chỉnh kế hoạch.

Riêng đối với trường hợp người nộp thuế không chịu ảnh hưởng trực tiếp của thiên tai, dịch bệnh thuộc kế hoạch kiểm tra được duyệt, nhưng có kiến nghị không thực hiện kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế, qua phân tích chuyên sâu dữ liệu báo cáo tài chính cập nhật mới nhất về kết quả phân tích các chỉ tiêu trên báo cáo tài chính, tờ khai thuế, mức độ tuân thủ của người nộp thuế và các thông tin thu thập khác, nếu có mức độ rủi ro thấp hơn khi lập kế hoạch thanh, kiểm tra và doanh nghiệp bị giảm mức tăng trưởng thì cơ quan thuế xem xét trình cấp có thẩm quyền điều chỉnh kế hoạch thanh, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế và chuyển sang thực hiện kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế theo quy định.