Theo Thông tư 172/2016/TT-BTC, mức thu lệ phí được thực hiện như sau:

Đối với mức thu lệ phí cấp lần đầu: Lệ phí cấp chứng chỉ năng lực hoạt động xây dựng cho tổ chức: 1.000.000 (một triệu) đồng/chứng chỉ; Lệ phí cấp chứng chỉ hành nghề hoạt động xây dựng cho cá nhân: 300.000 (ba trăm nghìn) đồng/chứng chỉ.

Đối với mức thu lệ phí cấp lại, cấp bổ sung, điều chỉnh, chuyển đổi bằng 50% mức thu lệ phí tại điểm a khoản này.

Lệ phí cấp giấy phép hoạt động xây dựng cho nhà thầu nước ngoài: 2.000.000 (hai triệu) đồng/giấy phép. Lệ phí cấp chứng chỉ năng lực hoạt động xây dựng cho tổ chức; cấp chứng chỉ hành nghề hoạt động xây dựng cho cá nhân; cấp giấy phép hoạt động xây dựng cho nhà thầu nước ngoài thu bằng Đồng Việt Nam (VNĐ).

Thông tư 172/2016/TT-BTC cũng quy định cụ thể về kê khai, nộp lệ phí. Theo đó, tổ chức thu lệ phí thực hiện kê khai lệ phí theo tháng và quyết toán lệ phí theo năm theo quy định tại khoản 3 Điều 19 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ.

Tổ chức thu lệ phí nộp toàn bộ số tiền lệ phí thu được vào NSNN theo Mục lục NSNN hiện hành. Nguồn chi phí trang trải cho việc cấp chứng chỉ năng lực hoạt động xây dựng cho tổ chức, cấp chứng chỉ hành nghề hoạt động xây dựng cho cá nhân, cấp giấy phép hoạt động xây dựng cho nhà thầu nước ngoài và thu lệ phí của cơ quan nhà nước do NSNN bố trí trong dự toán hàng năm theo chế độ, định mức chi NSNN theo quy định của pháp luật.