Dù có vai trò quan trọng như vậy nhưng trên thực tế, liên kết vùng còn rất yếu, nhất là giữa các tỉnh và thành phố dẫn đến tình trạng tất cả các vùng đều vận dụng mô hình phát triển gần như theo cùng một hướng về cơ cấu kinh tế; Chưa thực sự là công cụ hữu hiệu để định hướng, điều phối, phân bổ ngân sách, thu hút nguồn lực, đầu tư, quản trị không gian kinh tế - xã hội. Các vùng kinh tế trọng điểm cũng chưa thực sự phát huy vai trò đầu tàu, thiếu tác dụng lan tỏa, hiệu quả đầu tư chưa vượt trội; khoảng cách giữa các vùng chưa được thu hẹp.

Có thể dẫn chứng điều này qua các ý kiến tại Tọa đàm liên kết phát triển Vùng kinh tế trọng điểm trong bối cảnh mới do Ban Chỉ đạo Tổng kết Nghị quyết 39/2004 của Bộ Chính trị về phát triển kinh tế - xã hội và bảo đảm quốc phòng, an ninh vùng Bắc Trung Bộ và Duyên hải Trung Bộ đến năm 2010 tổ chức mới đây. Theo đó, các ý kiến cho rằng, còn thiếu hành lang pháp lý và cơ chế phối hợp, chế tài thực thi phù hợp. Hội đồng Vùng kinh tế trọng điểm cũng chưa có địa vị pháp lý đầy đủ, không đủ nguồn lực để điều phối sự phát triển chung, chưa có khả năng xây dựng định hướng, chiến lược, quy hoạch vùng. Đặc biệt, tư tưởng lợi ích theo địa giới hành chính vẫn còn tồn tại, thậm chí còn cạnh tranh với nhau làm triệt tiêu lợi thế của toàn vùng.

Phân tích cụ thể, một chuyên gia cho rằng, trong liên kết phát triển Vùng kinh tế trọng điểm miền Trung hiện tồn tại nhiều “điểm nghẽn”. Đó là hệ thống giao thông kết nối nội vùng và liên vùng quá hạn chế dù đã từng bước cải thiện nhưng chưa tạo động lực để giao lưu phát triển kinh tế. Hội đồng vùng dù đã được thành lập nhưng còn mang tính hình thức, chưa quy định rõ vai trò và chưa thể hiện cộng đồng trách nhiệm. Ở góc độ rộng hơn, hiện nay nền kinh tế nước ta được điều hành bởi Chính phủ và chính quyền các tỉnh chứ chưa được điều hành theo vùng. Vì vậy liên kết, phát triển vùng vẫn chưa tạo được lợi thế, khai thác thế mạnh nên vẫn còn đầu tư dàn trải và lãng phí nguồn lực...

Liên kết vùng làm tăng khả năng kết nối về mặt không gian kinh tế - tự nhiên và kinh tế - xã hội, tăng hiệu quả quản lý vĩ mô và vi mô của các bộ, ngành, địa phương và doanh nghiệp; tạo lợi thế so sánh trong cạnh tranh và động lực phát triển để phát triển hiệu quả và bền vững. Do đó, để khắc phục những "điểm nghẽn", bất cập về quy hoạch, kế hoạch, cơ chế, chính sách... đòi hỏi phải sớm có các giải pháp khắc phục.

Đó là khi xây dựng cơ chế, chính sách cần làm rõ thể chế quản trị liên kết vùng gắn với chức năng, nhiệm vụ cụ thể. Bên cạnh đó, phải tính đến khả năng kết nối nội vùng nhằm bao quát hết các khả năng có thể xảy ra khi liên kết và phát triển giữa các vùng; làm rõ tính đặc thù, thế mạnh của mỗi địa phương và liên kết nội vùng. Đặc biệt, cần loại bỏ sự chồng lấn trong phân vùng, làm rõ thẩm quyền trong phân vùng quy hoạch, kế hoạch và quản trị theo lợi thế so sánh của từng địa phương, khắc phục tình trạng không gian kinh tế bị chia cắt bởi địa giới hành chính.