Để áp dụng quản lý rủi ro trong kiểm tra chuyên ngành, cơ quan hải quan đã phối hợp với các bộ, ngành rà soát, công bố Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo giấy phép và thuộc diện quản lý chuyên ngành của các bộ, ngành; hàng hóa xuất nhập khẩu thuộc đối tượng phải kiểm tra chuyên ngành, phục vụ công tác phân luồng kiểm tra.

Trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, các đơn vị hải quan đã tiến hành thu thập thông tin danh mục hàng hóa, chính sách quản lý chuyên ngành đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; thông tin hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa. Từ đó, nhận diện rủi ro, phân tích chính sách quản lý chuyên ngành, đánh giá rủi ro đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu - đối tượng của chính sách quản lý chuyên ngành.

Khi đã nhận diện được rủi ro, cơ quan hải quan áp dụng tiêu chí phân luồng kiểm tra, giám sát hải quan theo chính sách quản lý chuyên ngành của các bộ, ngành, cơ quan ban hành chính sách; đồng thời, xác lập và quản lý danh sách doanh nghiệp trọng điểm rủi ro hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa thuộc chính sách quản lý chuyên ngành. Sau đó, quay lại xây dựng, quản lý và thực hiện các kỹ thuật nghiệp vụ kiểm soát rủi ro hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa thuộc chính sách quản lý chuyên ngành.

Trong khi đó, trên thực tế, hệ thống thông quan hiện nay cũng chưa có chức năng nhận biết hàng hóa theo mô tả, mục đích sử dụng, bản chất hàng hóa dẫn đến khó khăn trong công tác phân luồng kiểm tra. Ngoài ra, hiện cũng chưa thực hiện kết nối giữa hệ thống thông quan điện tử và hệ thống một cửa quốc gia, dẫn đến số lượng tiêu chí theo văn bản quản lý chuyên ngành cập nhật trên hệ thống phân luồng nhiều, làm tăng tỷ lệ phân luồng không đáp ứng yêu cầu mục tiêu đề ra theo Chiến lược ngành Hải quan với tỷ lệ luồng vàng dưới 25% (hiện nay là 29%).

Để khắc phục những bất cập, hạn chế trên, Tổng cục Hải quan đã trình Bộ Tài chính trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Đề án cải cách mô hình kiểm tra chất lượng, kiểm tra an toàn thực phẩm đối với hàng hóa nhập khẩu (tại Quyết định số 38/QĐ-TTg ngày 12/1/2021).

Theo Quyết định số 38/QĐ-TTg, cơ quan hải quan là đầu mối kiểm tra chất lượng, kiểm tra an toàn thực phẩm đối với hàng hóa nhập khẩu; đồng thời tiếp nhận hồ sơ đăng ký kiểm tra chất lượng, kiểm tra an toàn thực phẩm hàng hóa nhập khẩu; quyết định phương thức kiểm tra (kiểm tra chặt, kiểm tra thông thường, kiểm tra giảm); thực hiện kiểm tra hồ sơ. Trường hợp không nhất trí với kết quả kiểm tra chất lượng, kiểm tra an toàn thực phẩm của cơ quan hải quan, người khai hải quan thực hiện khiếu nại hoặc khởi kiện theo quy định của pháp luật.

Hiện, Tổng cục Hải quan đang phối hợp với các bộ, ngành xây dựng chức năng hệ thống cho phép cập nhật, tích hợp thông tin, dữ liệu hàng hóa thuộc diện chính sách quản lý chuyên ngành, phục vụ tra cứu, tìm kiếm, thống kê, đánh giá rủi ro...