Từ khi đi vào vận hành chính thức (ngày 1/4/2014) đến nay, Hệ thống VNACCS/VCIS đã được triển khai trên phạm vi cả nước. Hệ thống đang hoạt động ổn định, hiệu quả tạo thuận lợi cho cộng đồng DN và góp phần nâng cao hiệu quả quản lý Nhà nước về hải quan. Ngay từ khi bắt tay vào chuẩn bị các điều kiện cần thiết để triển khai thực hiên Hệ thống VNACCS/VCIS đã nhận được sự quan tâm đặc biệt của các đồng chí lãnh đạo Đảng, Nhà nước cùng sự hỗ trợ tích cực từ phái Nhật Bản và tinh thần nỗ lực, trách nhiệm cao của cán bộ công chức Hải quan là những động lực quan trọng tạo thành công.

 Nếu như trước kia, trong hồ sơ hải quan, doanh nghiệp phải chuẩn bị nhiều loạigiấy tờnhư: Tờ khai hải quan, tờ khai trị giá, hợp đồng, hóa đơn… thì nay chỉ cần một chứng từ duy nhất. Bên cạnh đó, Hệ thống cho phép tự động xác định thuế suất từng mã HS, từng dòng hàng nên hạn chế được sai sót trong quá trình nhập liệu, giảm tình trạng phụ thuộc vào văn bản, giấy tờ của cả doanh nghiệp và cán bộ hải quan.

Theo kết quả cuộc đo giải phóng hàng tại Chi cục Hải quan Cảng Sài Gòn khu vực I, Cục Hải quan thành phố Hồ Chí Minh do Tổng cục Hải quan và Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam thực hiện hồi tháng 10/2014 thì thời gian đăng ký tờ khai hải quan qua Hệ thống VNACCS là 3 giây; thời gian trung bình từ khi doanh nghiệp đăng ký tờ khai đến khi quyết định thông quan/giải phóng hàng đối với hàng nhập khẩu chỉ còn 34 giờ, giảm 18% (năm 2013 là 42 giờ); thời gian trung bình từ khi doanh nghiệp đăng ký tờ khai đến khi quyết định thông quan với hàng hóa xuất khẩu là 6 giờ, giảm 58% (năm 2013 là 16 giờ).

Cụ thể, ở khâu khai báo và xử lý tờ khai: Hiện thời gian tiếp nhận, xử lý và phản hồi thông tin khai báo chỉ từ 1-3 giây. Với hàng luồng xanh (miễn kiểm tra hồ sơ giấy và thực tế hàng hóa), thời gian thông quan chỉ từ 1-3 giây.

Ở khâu giám sát hải quan: Kết hợp với việc áp dụng mã vạch, thời gian thực hiện giám sát với hàng hóa xuất nhập khẩu chỉ còn vài phút thay vì hàng giờ như trước kia, giảm ách tắc hàng hóa tại cổng cảng.

Bước đột phá thông qua triển khai Hệ thống VNACCS/VCIS là đã thúc đẩy ứng dụng công nghệ thông tin trong khâu thu nộp thuế với việc thực hiện thanh toán điện tử qua ngân hàng theo Thông tư số 126/2014/TT-BTC.

Ngay sau khi doanh nghiệp nộp thuế điện tử tại ngân hàng, thông tin nộp tiền được chuyển online cho Cổng thanh toán điện tử hải quan và lập tức được thanh khoản, trừ nợ thuế, thông quan hàng hóa. Nhờ đó giúp giảm thiểu tình trạng cưỡng chế thuế không chính xác, giảm thời gian thông quan. Hiện đã có 19 ngân hàng thương mại ký kết phối hợp thu với Tổng cục Hải quan và con số này đang tiếp tục tăng lên.

Hệ thống VNACCS/VCIS tạo nền tảng để xây dựng thành công Cơ chế một cửa quốc gia, đem lại lợi ích lâu dài cho doanh nghiệp khi triển khai đầy đủ cơ chế một cửa.

Hiện nay VNACCS/VCIS đã kết nối với hệ thống của Hải quan Việt Nam để thực hiện Cơ chế một cửa. Sau khi đã thực hiện một số thủ tục hành chínhthuộc thẩm quyền của Bộ Công Thương, Bộ Giao thông vận tải, dự kiến đến tháng 6/2015 tiếp tục kết nối các Bộ: Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Tài nguyên và Môi trường.

Đối với ngành Hải quan, đây là cơ hội để nâng cao năng lực, hiệu quả quản lý nhà nước, minh bạch hóa thủ tục hành chính, góp phần quan trọng hình thành chính phủ điện tử. Để đạt được những kết quả đó, trong thời gian qua, Tổng cục Hải quan đã nỗ lực, cố gắng trong việc giám sát 24/7 và đảm bảo hệ thống vận hành ổn định, an toàn, đồng thời nhanh chóng xử lý các vướng mắc, phát sinh.

Được triển khai chính thức tại Việt Nam từ 01/4/2014 qua dự án viện trợ của Nhật Bản, tính đến 15/3/2015, Hệ thống VNACCS/VCIS đã thu hút 53,2 nghìn doanh nghiệp tham gia; thực hiện 6,3 triệu tờ khai; kim ngạch xuất nhập khẩu đạt 256,2 tỷ USD.

Trên cơ sở những thành công ban đầu sau 1 năm triên khai Hệ thống VNACCS/VCIS, mới đây tại buổi làm việc với ông Hideaki Tanaka - Vụ trưởng Vụ Hợp tác quốc tế (Tổng cục Hải quan Nhật Bản)  Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan Việt Nam Nguyễn Ngọc Túc đã đề nghị phía Nhật Bản tiếp tục hỗ trợ Việt Nam thực hiện giai đoạn 2 của Dự án. Ông Hideaki Tanaka cho biết, Hải quan Nhật Bản sẵn sàng phối hợp và tiếp tục triển khai để hoàn thiện và nâng cao hiệu quả hoạt động của Hệ thống. Khi về Nhật Bản, ông Hideaki Tanaka sẽ khẩn trương báo cáo nội dung này với Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan Nhật Bản để xúc tiến các thủ tục liên quan.