Theo đó, Thông tư này quy định mức phí giải quyết khiếu nại vụ việc cạnh tranh đối với hành vi cạnh tranh không lành mạnh là 10 triệu đồng/vụ việc; đối với hành vi hạn chế cạnh tranh là 100 triệu đồng/vụ việc.

Mức phí giải quyết yêu cầu độc lập của người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan là 10 triệu đồng/vụ việc. Mức phí thẩm định hồ sơ hưởng miễn trừ trong giải quyết vụ việc cạnh tranh là 50 triệu đồng/hồ sơ.

Bên cạnh quy định về các mức phí, Thông tư mới cũng quy định, chậm nhất là ngày 05 hàng tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu của tháng trước vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách mở tại Kho bạc Nhà nước.

Tổ chức thu phí nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước theo Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành. Nguồn chi phí trang trải cho việc xử lý và thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.

Trường hợp tổ chức thu phí được khoán chi phí hoạt động theo quy định của Chính phủ hoặc Thủ tướng Chính phủ về cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong việc sử dụng biên chế và sử dụng kinh phí quản lý hành chính. 

Cụ thể, đối với các cơ quan nhà nước thì được để lại 90% trong tổng số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho việc xử lý và thu phí theo quy định tại khoản 2 Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP của Chính phủ.

Số tiền phí còn lại 10% phải nộp vào ngân sách nhà nước theo mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.