Đó là hoàn thành 100 % đề án đề ra (20 đề án trình Bộ và 96 đề án trình Tổng cục). Trong đó, có một số đề án quan trọng như trình Bộ Tài chính để trình Thủ tướng Chính phủ Kế hoạch tổng thể triển khai Cơ chế một cửa quốc gia và Cơ chế một cửa ASEAN giai đoạn 2016-2020; trình Bộ Tài chính phê duyệt báo cáo tổng kết công tác cải cách, phát triển và hiện đại hóa giai đoạn 2011-2015, Kế hoạch cải cách, phát triển và hiện đại hóa ngành Hải quan giai đoạn 2016 -2020, Kế hoạch 5 năm ứng dụng công nghệ thông tin (CNTT) của TCHQ giai đoạn 2016- 2020; Ban hành kế hoạch thực hiện Nghị quyết 19-2016/NQ-CP, Nghị quyết 35/NQ-CP và Kế hoạch hợp tác và hội nhập quốc tế của Hải quan Việt Nam giai đoạn 2016-2020…

Việc thực hiện thủ tục hải quan tiếp tục được ngành Hải quan đơn giản hóa nhờ việc triển khai giám sát hải quan theo quy định Điều 41 Luật Hải quan với 9 DN kinh doanh cảng, giúp giảm thời gian thông quan, tăng hiệu quả công tác giám sát, kiểm soát và ngăn chặn hiện tượng đưa hàng chưa được phép ra khỏi khu vực giám sát.Song song với triển khai mở rộng Cơ chế một cửa tại cảng biển, Tổng cục Hải quan đang chủ trì cùng các bộ, ngành triển khai Cơ chế một cửa quốc gia tại các cảng hàng không quốc tế và dự kiến triển khai vào 1-3-2017.

Đồng thời, ngành Hải quan cũng đã hướng dẫn và xử lý kịp thời các vướng mắc đối với loại hình gia công, nhập nguyên liệu SXXK, DN chế xuất; chấn chỉnh công tác quản lý hải quan đối với hàng hóa vận chuyển độc lập; xử lý hàng hóa tồn đọng là lốp xe đã qua sử dụng với 1.140 container tại Hải Phòng và 493 container tại TP. Hồ Chí Minh; triển khai 10 địa điểm kiểm tra chuyên ngành (KTCN) tập trung tại cửa khẩu; xây dựng và thí điểm cổng thông tin KTCN tại cảng Cát Lái, sân bay Tân Sơn Nhất và Chi cục Chuyển phát nhanh thuộc Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh.

Trong công tác ứng dụng CNTT vào hoạt động nghiệp vụ hải quan, năm 2016, Tổng cục Hải quan đã triển khai 46 dịch vụ công trực tuyến, nâng số TTHQ ở mức độ 3 lên 119/168 TTHC, chiếm 71%, trong đó 114 TTHC được cung cấp trực tuyến mức độ 4, chiếm gần 68%. Việc đẩy mạnh ứng dụng CNTT vào hoạt động nghiệp vụ hải quan đã góp phần quan trọng trong việc tạo thuận lợi cho thương mại, tăng tính minh bạch, giảm thiểu giấy tờ, giảm thời gian thông quan, nâng cao năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp và năng lực quản lý nhà nước về hải quan, là động lực để đẩy mạnh cải cách hành chính theo yêu cầu của Nghị quyết 19-2016/NQ-CP, Nghị quyết 35/NQ-CP và Nghị quyết 36a/NQ-CP.

Trong công tác thu NSNN, do một số mặt hàng chính, có số thu lớn có xu hướng giảm mạnh so với cùng kỳ năm trước, cùng với đó là  giá dầu thô giảm, cắt giảm thuế khi tham gia các Hiệp định thương mại tự do (FTA) đã gây ảnh hưởng giảm đến số thu NSNN của ngành Hải quan. Để đạt chỉ tiêu thu ngân sách, TCHQ đã triển khai nhiều biện pháp đồng bộ, quyết liệt như: Giao chỉ tiêu thu và đôn đốc thường xuyên công tác thu đối với từng Cục Hải quan tỉnh, thành phố; Kịp thời tháo gỡ khó khăn, vướng mắc về chính sách quá trình triển khai thực hiện Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13; Chủ động rà soát kiểm tra các mặt hàng có thuế suất cao, kim ngạch lớn; Tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan, kiểm tra nội bộ, chống gian lận thương mại trong khâu làm thủ tục hải quan...

Nhờ các nỗ lực nêu trên, số thu ngân sách của toàn ngành Hải quan năm 2016 đã đạt 272.239 tỷ đồng, bằng 100,8% dự toán Quốc hội giao, tăng 3,8% so với năm 2015.

Tổng cục Hải quan cũng đã chú trọng chỉ đạo toàn lực lượng KTSTQ rà soát, thực hiện KTSTQ theo các chuyên đề như trị giá tính thuế, NK để gia công sản xuất XK, xuất xứ hàng hóa, qua đó phát hiện một số tồn tại, bất cập và kịp thời chấn chỉnh một số nội dung về nghiệp vụ KTSTQ; Đã triển khai một số chuyên đề đạt kết quả cao như kiểm tra xuất xứ hàng hóa mặt hàng xăng dầu NK được hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt, kiểm tra trị giá mặt hàng xe ô tô, rà soát các mặt hàng thay đổi mã số; Xây dựng danh sách doanh nghiệp được KTSTQ đảm bảo hiệu quả, tránh chồng chéo. Trong năm 2016, số cuộc KTSTQ tăng gấp 3 lần, số tiền thuế ấn định tăng gần gấp 1,66 lần so với cùng kỳ năm 2015, đạt mốc 3.428 tỷ đồng.

Trong công tác quản lý rủi ro, năm 2016, ngành Hải quan đã điều phối việc kiểm soát đối với 18 rủi ro trọng yếu, qua đó phát hiện gần 6.000 vụ việc vi phạm lớn; Triển khai thực hiện chuyên đề kiểm soát rủi ro đối với các lĩnh vực hủy, sửa tờ khai, hàng giả, hàng chuyển cửa khẩu, hàng tạm nhập tái xuất, hàng gửi kho ngoại quan, hàng bách hóa; máy móc đã qua sử dụng, sắt thép...; qua đó đã xác định 645 doanh nghiệp trọng điểm, kiểm tra hàng nghìn lô hàng, phát hiện vi phạm với trị giá hàng tỷ đồng.

Riêng trong công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả, ngay từ đầu năm, bám sát chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, Ban Chỉ đạo 389 quốc gia, với vai trò là cơ quan Thường trực của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan đã thường xuyên chỉ đạo lực lượng Hải quan toàn ngành nắm vững diễn biến tình hình, tăng cường phối hợp với các cơ quan, đơn vị liên quan xây dựng, triển khai các kế hoạch, chuyên đề đấu tranh, bắt giữ, xử lý hiệu quả các đối tượng vi phạm về buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả; chủ động phối hợp với các bộ, ngành, cơ quan chức năng tham mưu Bộ Tài chính – Thường trực Ban Chỉ đạo 389 quốc gia trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, Trưởng Ban Chỉ đạo 389 quốc gia triển khai nhiều giải pháp mang tính hệ thống, tổng thể, sâu sát với tình hình; đẩy mạnh công tác thông tin, tuyên truyền; tập trung xây dựng, hoàn thiện các văn bản, chính sách pháp luật có liên quan đến công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả nhằm kịp thời khắc phục những sơ hở, bất cập, giúp nâng cao thẩm quyền, cơ sở pháp lý, kinh phí đảm bảo cho hoạt động của cơ quan chức năng.

Chính vì vậy, công tác tham mưu, chỉ đạo hoạt động chống buôn lậu luôn kịp thời, có trọng tâm, bám sát diễn biến tình hình tội phạm, kịp thời ngăn chặn, đấu tranh với hoạt động buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới ngay trong địa bàn hoạt động hải quan. Công tác khởi tố đạt nhiều kết quả đáng khích lệ, số vụ khởi tối tăng gấp nhiều lần so với năm 2015. Trong đó, các đơn vị đã đấu tranh hiệu quả là: Cục Điều tra chống buôn lậu khởi tố 18 vụ; Cục Hải quan Hải Phòng khởi tố 9 vụ, tăng 50%; Cục Hải quan Tây Ninh khởi tố 6 vụ, tăng 20%; Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh khởi tố 8 vụ, gấp 2 lần, chuyển cơ quan khác khởi tố 37 vụ, gấp 37 lần (so với năm 2015)...

Trong năm 2016, Tổng cục Hải quan trình Bộ Tài chính công bố 30 thủ tục hành chính (TTHC) thuộc lĩnh vực quản lý nhà nước về Hải quan, trong đó ban hành mới 13 thủ tục mới, thay thế 14 thủ tục, bãi bỏ 3 thủ tục; Rà soát, đơn giản hóa 8 TTHC thuộc lĩnh vực hải quan liên quan đến giấy tờ công dân và cơ sở dữ liệu quản lý dân cư theo Đề án 896 của Bộ, 58 TTHC thuộc lĩnh vực Kho bạc Nhà nước, 16 TTHC thuộc các lĩnh vực do Vụ Chính sách thuế chủ trì, trong đó 10 TTHC liên quan đến hải quan.