Theo Tổng cục Hải quan, hiện nay tình trạng áp dụng mã số hàng hóa không thống nhất đối với cùng mặt hàng vẫn còn xảy ra. Nguyên nhân dẫn đến những tồn tại này là do trong quá trình xây dựng các Danh mục HS của Tổ chức Hải quan thế giới, Danh mục Biểu thuế ASEAN và Danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu Việt Nam một số mặt hàng mới, công nghệ mới... chưa được định danh hoặc chưa có quy định cụ thể tiêu chí để phân biệt. Do sự phát triển mạnh mẽ của công nghệ, nhiều mặt hàng được tích hợp nhiều công dụng, nhiều thành phần... dẫn tới khó xác định, khó phân biệt khi phân loại.

Hay việc áp dụng quản lý rủi ro trong quá trình thông quan với mục tiêu chuyển từ tiền kiểm sang hậu kiểm để tạo thuận lợi thương mại, giảm thời gian thông quan hàng hóa xuất nhập khẩu nên có thể phát sinh một số trường hợp hàng hóa thuộc tờ khai luồng Xanh nhập khẩu cùng một mặt hàng nhưng doanh nghiệp khai báo mã số khác nhau, việc này sẽ được kiểm tra, điều chỉnh sau thông quan.

Ngoài ra còn có nguyên nhân từ việc các doanh nghiệp chưa hiểu rõ về Hệ thống hài hòa mô tả và mã hóa hàng hóa, có một số trường hợp tiêu chuẩn của lĩnh vực chuyên ngành có thể khác lĩnh vực phân loại, doanh nghiệp đã dựa trên tiêu chuẩn của lĩnh vực chuyên ngành để áp dụng chung cho lĩnh vực phân loại.

Cũng theo Tổng cục Hải quan, ngoài các nguyên nhân trên, nguyên nhân khách quan là do trình độ, năng lực của một số ít công chức làm công tác phân loại tại cửa khẩu còn chưa đồng đều, chuyên sâu do chế độ luân chuyển vị trí công tác theo định kỳ trong khi đặc thù của công việc này đòi hỏi kỹ thuật nghiệp vụ hiểu biết chuyên sâu về ngành hàng.

Do đó, để hạn chế tình trạng này, hiện ngành Hải quan đưa ra nhiều giải pháp khắc phục và đang triển khai thực hiện hiệu quả từ cấp Tổng cục tới cấp chi cục. Trong đó, cơ quan Hải quan thường xuyên rà soát, đánh giá để tham gia ý kiến, đề xuất cấp có thẩm quyền phối hợp với các nước trao đổi, đàm phán xây dựng Danh mục HS, Danh mục Biểu thuế ASEAN, đưa các mặt hàng dễ lẫn, khó phân loại vào Danh mục với các tiêu chí phân biệt rõ ràng để thực hiện thống nhất; kiến nghị sửa biểu thuế với các nguyên tắc làm đơn giản hóa biểu thuế, đảm bảo rõ ràng, cụ thể khi áp dụng thực hiện.

Cơ quan Hải quan cũng tăng cường đào tạo, tập huấn cho đội ngũ cán bộ công chức làm công tác phân tích, phân loại và cộng đồng doanh nghiệp, đại lý hải quan nâng cao nhận thức, năng lực trong lĩnh vực phân loại hàng hóa.

Tiếp tục xây dựng, nâng cấp hệ thống cơ sở dữ liệu quản lý tập trung để tra cứu dữ liệu mặt hàng, thống nhất trong công tác phân loại, kiểm tra, kiểm soát việc khai báo của doanh nghiệp.

Đồng thời, liên tục có hướng dẫn các đơn vị hải quan địa phương, các doanh nghiệp thực hiện thống nhất đối với các mặt hàng phức tạp, dễ nhầm lẫn, các mặt hàng có ý kiến của Tổ chức Hải quan thế giới chưa được sửa trong Danh mục HS, mặt hàng có phản ánh, khiếu nại về việc phân loại hàng hóa.

Ngoài ra, cơ quan Hải quan cũng tích cực xây dựng Danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu rủi ro về phân loại hàng hóa và áp dụng mức thuế để làm cơ sở cho cán bộ công chức sử dụng tra cứu, ngăn ngừa gian lận khi áp dụng Biểu thuế.

Song song với những giải pháp từ thể chế, cơ quan Hải quan cũng đang tăng cường tổ chức các đoàn thanh tra, kiểm tra để giám sát việc thực hiện công tác phân loại hàng hóa ở các cấp, rà soát hồ sơ hải quan lưu giữ phục vụ công tác kiểm tra sau thông quan để kịp thời phát hiện các trường hợp khai sai mã số hàng hóa.