Theo KTNN, hầu hết các dự án BT đều lựa chọn nhà đầu tư theo hình thức chỉ định thầu (TP. Hà Nội: 5/5 dự án; TP. Đà Nẵng: 3/4 dự án; Bắc Ninh: 2/2 dự án; Hà Nam: 2/2 dự án; Thái Bình: 3/3 dự án; Thanh Hóa: 1/1 dự án), từ đó làm giảm sự cạnh tranh và tiềm ẩn rủi ro chọn nhà đầu tư không đủ năng lực.

Thanh toán cho nhà đầu tư theo hình thức giao đất đã giải phóng mặt bằng có thu tiền sử dụng đất hoặc cho thuê đất thu tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê không thông qua hình thức đấu giá là chưa phù hợp quy định của Luật Đất đai năm 2013 và là kẽ hở dẫn đến thất thoát ngân sách.

Việc quy định về thời điểm giao đất để thanh toán dự án BT và thời điểm giao dự án BT còn bất cập, không rõ ràng dẫn đến việc thanh toán dự án BT bằng quỹ đất không đảm bảo nguyên tắc ngang giá.

Thanh toán trước cho nhà đầu tư trong khi nhà đầu tư chưa phải xuất hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT) do công trình chưa hoàn thành thực chất là thanh toán trước tiền thuế GTGT cho nhà đầu tư tại thời điểm chưa phát sinh là một điểm bất hợp lý, tạo ra việc chiếm dụng vốn từ ngân sách Nhà nước (NSNN).

Vốn đầu tư chủ yếu là vốn vay (khoảng 85%) và được tính lãi, với lãi suất tối đa huy động bằng 1,3 lần lãi suất trái phiếu chính phủ, dẫn đến thực chất gần như toàn bộ dự án là vốn của Nhà nước hoặc là vốn của Nhà nước đi vay với mức lãi suất cao hơn lãi suất Nhà nước huy động để đầu tư thực hiện dự án. Điều này cho thấy, việc thực hiện dự án BT không thực sự giảm gánh nặng cho NSNN.

Bên cạnh đó, chưa có quy định về thời điểm nhà đầu tư phải góp đủ số vốn chủ sở hữu dẫn đến nhà đầu tư không bắt buộc phải góp đủ vốn chủ sở hữu theo tỷ lệ tối thiểu tại mọi thời điểm nhằm tiết kiệm chi phí lãi vay trong thời gian xây dựng. Đồng thời, chưa có văn bản quy định cụ thể về tỷ suất lợi nhuận của nhà đầu tư nên có chênh lệch lớn giữa các hợp đồng (cao nhất 14%, thấp nhất 10%).

Nhiều dự án giao cho nhà đầu tư thực hiện từ khâu thẩm định, phê duyệt dự án, thiết kế dự toán và tự lựa chọn các đơn vị tư vấn thiết kế, thi công, giám sát dẫn đến có thể không bảo đảm tính khách quan; Công tác quản lý, giám sát của các cơ quan quản lý nhà nước chưa được thực hiện thường xuyên, đầy đủ theo chức năng, nhiệm vụ được giao dẫn đến để xảy ra sai sót ở tất cả các khâu, gây thất thoát trong quá trình thi công thực hiện dự án.

Qua kiểm toán cho thấy, nhà đầu tư góp vốn chủ sở hữu chưa đầy đủ và đúng hạn như tiến độ đã cam kết trong hợp đồng  hoặc ký hợp đồng nhưng không quy định phần vốn chủ sở hữu của chủ đầu tư. Việc xác định lãi suất vốn vay còn sai sót, thiếu cơ sở; ký kết hình thức hợp đồng không phù hợp, quy định không rõ ràng thời điểm thực hiện nghĩa vụ với NSNN làm tăng chi phí lãi vay trong phương án tài chính; Việc xác định tổng vốn đầu tư trong phương án tài chính chưa hợp lý, một số chi phí lập cao so với thực tế và quy định hoặc xác định tổng mức đầu tư không chính xác; Lập dự án, phê duyệt thiết kế dự toán của hầu hết các dự án còn sai sót về khối lượng, định mức đơn giá.

Qua kiểm toán tại 30 dự án BT từ trước đến nay, KTNN đã kiến nghị xử lý tài chính 4.515 tỷ đồng, trong đó có dự án tỷ lệ xử lý tài chính lên đến 27% tổng giá trị dự án được kiểm toán.