Ông Nguyễn Trọng Hùng, Phó Cục trưởng Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh cho biết hệ thống VNACCS/VICS được xây dựng và phát triển dựa trên hệ thống NACCS/CIS của Hải quan Nhật Bản và hiện nay đang áp dụng rất hiệu quả tại Nhật Bản. VNACCS/VCIS xử lý thông tin tập trung cả 3 khâu trước, trong và sau thông quan. Hệ thống cho phép kết nối giữa cơ quan hải quan với các doanh nghiệp, các bộ ngành, ngân hàng, hãng vận tải, đại lý hải quan, công ty logistics, cơ quan quản lý cảng, kho bãi… nhằm thực hiện thủ tục hải quan điện tử và cơ chế một cửa quốc gia.

Hiện tại, hệ thống VNACCS/VCIS đã được áp dụng tại một số tỉnh thành từ đầu tháng 4/2014. Riêng tại TP. Hồ Chí Minh, hệ thống này sẽ được triển khai vào giữa tháng 5 tới đây. Cụ thể, ngày 19/5/2014 sẽ triển khai tại Chi cục Hải quan Cửa khẩu Cảng Sài Gòn khu vực 1; Chi cục Hải quan Cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực 3; Chi cục Hải quan cửa khẩu Tân Cảng. Từ ngày 26/5/2014 sẽ triển khai tại Chi cục hải quan cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực 2; Chi cục Hải quan Quản lý hàng đầu tư; Chi cục Hải quan Cửa khẩu cảng Hiệp Phước. Ngày 2/6/2014 sẽ triển khai tại Chi cục Hải quan cửa khẩu sân bay quốc tế Tân Sơn Nhất; Chi cục Hải quan quản lý hàng gia công; Chi cục hải quan Chuyển phát nhanh. Ngày 6/9/2014 sẽ triển khai tại Chi cục Hải quan Cảng Sài Gòn khu vực 4; Chi cục Hải quan Khu công nghiệp Linh Trung và Chi cục Hải quan Khu công nghiệp Tân Thuận.

Tại hội nghị, một số doanh nghiệp thắc mắc Hệ thống VNACCS/VCIS  chỉ cho phép khai 50 dòng hàng trên 1 tờ khai hải quan, trong khi đó 1 lô hàng xuất có thể có 1.000 dòng hàng. Điều này có thể dẫn đến tăng chi phí, thời gian cho doanh nghiệp. Bên cạnh đó, một số doanh nghiệp cho biết hiện tại họ đang được hưởng quyền doanh nghiệp ưu tiên, vậy khi áp dụng theo hình thức mới quyền lợi của họ có được đảm bảo?

Trả lời thắc mắc của doanh nghiệp, ông Nguyễn Trọng Hùng cho rằng, hệ thống chỉ tiếp nhận 50 dòng hàng, nhưng không ảnh hưởng nhiều đến khai báo của doanh nghiệp, vì thông tin doanh nghiệp chỉ phải khai có một lần, đồng thời việc khai báo cũng  sẽ không làm phát sinh thêm chi phí cho doanh nghiệp khi thực hiện trên hệ thống điện tử. Ngoài ra, các doanh nghiệp đã được Tổng cục Hải quan công nhận là doanh nghiệp ưu tiên khi tham gia VNACCS vẫn tiếp tục được hưởng các quyền ưu tiên như hiện tại, không có thay đổi gì. Tuy nhiên, ông Hùng cũng cho biết do đây là phần mềm mới nên sau thời gian thực hiện, nếu phát sinh khó khăn cho doanh nghiệp, cơ quan Hải quan sẽ cân nhắc sửa đổi cho phù hợp.

Cũng tại Hội nghị này, lãnh đạo Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh cho rằng đây là chương trình hoàn toàn mới với cả doanh nghiệp và cơ quan Hải quan, tiêu chí khai báo nhiều… các doanh nghiệp nên quan tâm cập nhật các văn bản hướng dẫn của cơ quan Hải quan. Đặc biệt, các doanh nghiệp cần cẩn trọng trong việc khai báo các thông tin vì thực tế trong thời gian qua tình trạng nộp thuế  nhầm tài khoản, sai sót trong nộp thuế rất nhiều, ảnh hưởng đến thông quan hàng hóa của doanh nghiệp. Bên cạnh đó, tình trạng hủy tờ khai của doanh nghiệp cũng rất nhiều, khi triển khai VNACCS/VCIS Hải quan sẽ quản lí được việc hủy tờ khai của doanh nghiệp, khi đó sẽ yêu cầu doanh nghiệp giải trình và xử lý.