Theo đó, mức phí bảo vệ môi trường đối với dầu thô là 100.000 đồng/tấn; đối với khí thiên nhiên, khí than 50 đồng/m³. Riêng khí thiên nhiên thu được trong quá trình khai thác dầu thô (khí đồng hành) 35 đồng/m³.

Nghị định cũng quy định cụ thể biểu khung mức phí bảo vệ môi trường đối với khai thác quặng khoáng sản kim loại (từ 10.000 đồng - 270.000 đồng/tấn); khoáng sản không kim loại (từ 1.000 - 90.000/m³hoặc tấn).

Mức phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản tận thu bằng 60% mức phí của loại khoáng sản tương ứng.

Nghị định quy định rõ, đối với số lượng đất đá bốc xúc thải ra trong quá trình khai thác than, không thu phí đến hết năm 2017.

Phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản, không kể dầu thô và khí thiên nhiên, khí than là khoản thu ngân sách địa phương hưởng 100% để hỗ trợ cho công tác bảo vệ và đầu tư cho môi trường tại địa phương nơi có hoạt động khai thác khoáng sản theo Luật Bảo vệ môi trường và Luật Ngân sách Nhà nước.

Phí bảo vệ môi trường đối với dầu thô và khí thiên nhiên, khí than là khoản thu ngân sách trung ương hưởng 100% để hỗ trợ cho công tác bảo vệ và đầu tư cho môi trường theo quy định của Luật Bảo vệ môi trường và Luật Ngân sách Nhà nước.