Về phí giám sát, Thông tư quy định: Phí giám sát trích nộp từ khoản phí chuyển quyền sở hữu chứng khoán không qua hệ thống giao dịch của Sở Giao dịch chứng khoán là khoản doanh thu phí còn lại sau khi Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam đã chuyển trả 50% số doanh thu phí cho các Sở giao dịch chứng khoán.

Phí giám sát được tính trên giá trị giao dịch công bố trên hệ thống giao dịch của Sở Giao dịch chứng khoán và tính trên cả giá trị giao dịch chuyển quyền sở hữu chứng khoán không qua hệ thống giao dịch của Sở Giao dịch chứng khoán do Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam chuyển sang cho các Sở giao dịch chứng khoán theo quy định của Bộ Tài chính về phí hoạt động chứng khoán áp dụng tại các Sở giao dịch chứng khoán và Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam.

Các Sở Giao dịch chứng khoán, Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam nộp phí giám sát cho Ủy ban Chứng khoán Nhà nước hàng quý, từ ngày 1 đến ngày 30 tháng đầu tiên của quý kế tiếp.

Ngoài ra, tổ chức được chấp thuận hồ sơ đăng ký công ty đại chúng phải nộp phí quản lý công ty đại chúng chưa niêm yết/đăng ký giao dịch.

100% số tiền lệ phí thu được phải nộp vào ngân sách nhà nước. Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 10/7/2014.