Phương pháp khấu trừ thuế được quy định chi tiết tại Thông tư 219/2013/TT-BTC (sau đây gọi tắt là Thông tư 219) về việc hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT. Tuy nhiên trong quá trình triển khai thực hiện, nhiều doanh nghiệp mới thành lập đã gặp phải nhiều vướng mắc đối với quy định này, do đó Bộ Tài chính đã ban hành Công văn số 2616/TCT-CS (sau đây gọi tắt là Công văn 2616) hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện các quy định về áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.

Thứ nhất, về giá trị tài sản, máy móc, thiết bị đầu tư mua sắm, góp vốn của doanh nghiệp mới thành lập: Doanh nghiệp mới thành lập được đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế khi:

· Hóa đơn mua tài sản cố định, máy móc thiết bị có giá trị từ 1 tỷ đồng trở lên. Ngoài ra các hóa đơn sau vẫn được chấp nhận để tổng hợp vào tổng giá trị tài sản cố định, máy móc, thiết bị đầu tư, mua sắm: (1) hóa đơn mua đối với các tài sản là máy móc, thiết bị chưa đạt tiêu chuẩn là tài sản cố định; và (2) hóa đơn mua công cụ, dụng cụ;

· Doanh nghiệp mới thành lập nhận góp vốn bằng tài sản từ 1 tỷ đồng trở lên và đảm bảo được ghi nhận là tài sản của doanh nghiệp.

Thứ hai, về việc áp dụng phương pháp khấu trừ thuế đối với các chi nhánh: Theo quy định của Thông tư 219 về phương pháp khấu trừ thuế chi nhánh được thành lập bởi doanh nghiệp đang nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ sẽ được áp dụng phương pháp tính thuế như của doanh nghiệp đang hoạt động (trong trường hợp chi nhánh khai thuế GTGT tại cơ quản lý thuế trực tiếp của chi nhánh). Tuy nhiên nếu chi nhánh không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì phải khai thuế tập trung tại trụ sở chính của doanh nghiệp. Bên cạnh đó, doanh nghiệp cần lưu ý quy định này cũng được áp dụng đối với chi nhánh được thành lập từ dự án đầu tư của doanh nghiệp.

Thứ ba, về việc đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế: Các doanh nghiệp cần lưu ý những trường hợp sau:

· Doanh nghiệp được thành lập từ dự án đầu tư trước ngày 01/01/2014, đang trong giai đoạn đầu tư và chưa có doanh thu thì tiếp tục áp dụng phương pháp khấu trừ thuế trong năm 2014;

· Doanh nghiệp mới thành lập từ ngày 01/01/2014, có thực hiện đầu tư theo dự án thì thuộc trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế;

· Doanh nghiệp thành lập từ ngày 01/01/2014 đến trước ngày 26/04/2014, có dự án đầu tư không thuộc đối tượng được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định pháp luật nhưng có phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt, có mức đầu tư từ 1 tỷ đồng trở lên, chưa thông báo phát hành hóa đơn/chưa mua hóa đơn bán hàng,  thì thuộc đối tượng đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.