Trong việc quản lý hoạt động của các tổ chức phi lợi nhuận, tránh sự lạm dụng những tổ chức này vào các hoạt động rửa tiền và tài trợ khủng bố hay những hoạt động phạm pháp khác, Điều 19 Luật Phòng, chống rửa tiền quy định:

“1. Các tổ chức phi lợi nhuận được thành lập hoặc hoạt động tại Việt Nam phải duy trì, cập nhật hồ sơ có đầy đủ các thông tin về tổ chức, cá nhân tài trợ; tổ chức, cá nhân tiếp nhận tài trợ; số tiền tài trợ và mục đích sử dụng tiền tài trợ.

2. Hồ sơ quy định tại khoản 1 Điều này phải được lưu trữ đầy đủ và cung cấp cho các cơ quan nhà nước có thẩm quyền khi được yêu cầu.”

Điều 12 Nghị định số 116/2013/NĐ-CP đã đưa ra khái niệm về tổ chức phi lợi nhuận phù hợp với các văn bản pháp luật hiện hành. Theo đó: “Tổ chức phi lợi nhuận là pháp nhân hoặc tổ chức có hoạt động chính là huy động hoặc phân bổ vốn cho các mục đích từ thiện, tôn giáo, văn hóa, giáo dục, xã hội hoặc mục đích tương tự, không vì mục đích lợi nhuận, bao gồm tổ chức phi chính phủ nước ngoài, quỹ xã hội, quỹ từ thiện thành lập và hoạt động theo pháp luật Việt Nam”.

Khoản 2 và 3 Điều 12 Nghị định số 116 quy định các biện pháp phòng ngừa mà các tổ chức phi lợi nhuận phải thực hiện chính là việc duy trì, cập nhật thông tin về tổ chức, cá nhân tài trợ:

- Thông tin về tổ chức, cá nhân tài trợ, ít nhất bao gồm: Tên đầy đủ; địa chỉ; số tiền tài trợ;

- Thông tin về tổ chức, cá nhân tiếp nhận tài trợ ít nhất bao gồm: Tên đầy đủ; địa chỉ; số tiền tài trợ; phương thức tài trợ và mục đích sử dụng tiền tài trợ.

Tổ chức phi lợi nhuận cũng phải lưu giữ hồ sơ, tài liệu này ít nhất 05 (năm) năm kể từ thời điểm hoạt động tài trợ hoặc tiếp nhận tài trợ kết thúc.

Nghị định số 116 cũng quy định: Trường hợp tổ chức phi lợi nhuận giải thể hoặc kết thúc hoạt động, hồ sơ này phải được bàn giao cho cơ quan có thẩm quyền cấp phép thành lập hoặc hoạt động đối với tổ chức phi lợi nhuận đó, tức là Bộ Nội vụ (đối với tổ chức phi lợi nhuận trong nước) và Bộ Ngoại giao (đối với tổ chức phi lợi nhuận nước ngoài).

Ngoài ra, các cơ quan quản lý tổ chức phi lợi nhuận trong hoạt động thanh tra, giám sát; cơ quan phòng, chống rửa tiền thuộc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam; cơ quan có thẩm quyền trong việc điều tra, truy tố, xét xử có quyền yêu cầu những tổ chức này cung cấp thông tin, nếu thấy cần thiết cho quá trình thực hiện chức năng, nhiệm vụ của mình.