Tại Thông tư số 28/2023/TT-BTC, mức thu phí thẩm định dự án đầu tư xây dựng (phí thẩm định Báo cáo nghiên cứu khả thi đầu tư xây dựng hoặc phí thẩm định Báo cáo kinh tế - kỹ thuật đầu tư xây dựng) được quy định như sau: Dự án có tổng mức đầu tư từ 15 tỷ đồng trở xuống, mức thu 0,019%; Dự án có tổng mức đầu tư 25 tỷ đồng, mức thu 0,017%; Dự án có tổng mức đầu tư 50 tỷ đồng có mức thu 0,012%... Dự án có tổng mức đầu tư từ 10.000 tỷ đồng trở lên có mức thu 0,001%.

Phí thẩm định dự án đầu tư xây dựng tối đa không quá 150.000.000 đồng/tổng mức đầu tư dự án/cơ quan thẩm định và tối thiểu không dưới 500.000 đồng/tổng mức đầu tư dự án/cơ quan thẩm định. 

Đối với dự án đầu tư xây dựng, cơ quan chuyên môn về xây dựng, cơ quan chủ trì thẩm định thuộc người quyết định đầu tư yêu cầu chủ đầu tư lựa chọn tổ chức, cá nhân có đủ điều kiện năng lực để thẩm tra các nội dung cần thiết làm cơ sở cho việc thẩm định, mức thu phí bằng 50% mức thu phí quy định tại Biểu mức thu phí ban hành kèm theo Thông tư này. 

Thông tư số 28/2023/TT-BTC nêu rõ, tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước (phí do cơ quan trung ương quản lý thu thì nộp vào ngân sách trung ương, phí do cơ quan địa phương quản lý thu thì nộp vào ngân sách địa phương). Nguồn chi phí trang trải cho việc thẩm định và thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật. 

Trường hợp tổ chức thu phí được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Phí và lệ phí được để lại một phần tiền phí thẩm định thu được để trang trải chi phí cho việc thẩm định và thu phí.

Cụ thể, đối với dự án sử dụng vốn đầu tư công (vốn ngân sách nhà nước), cơ quan nhà nước có thẩm quyền thẩm định được để lại 90% trên số tiền phí thu được và 10% nộp vào ngân sách nhà nước theo chương, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.

Đối với các dự án đầu tư xây dựng sử dụng vốn nhà nước ngoài đầu tư công, dự án đầu tư theo hình thức đối tác công - tư và dự án đầu tư xây dựng sử dụng vốn khác (không sử dụng vốn ngân sách nhà nước), cơ quan nhà nước có thẩm quyền thẩm định được để lại 50% trên số tiền phí thu được và 50% nộp vào ngân sách nhà nước theo chương, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành. 

Ngoài ra, Thông tư cũng quy định, tổ chức thu phí là đơn vị sự nghiệp công lập được để lại 90% trên số tiền phí thu được để chi cho công việc thẩm định và thu phí; nộp 10% trên tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước (phí do đơn vị thuộc trung ương quản lý thu thì nộp vào ngân sách trung ương, phí do đơn vị thuộc địa phương quản lý thu thì nộp vào ngân sách địa phương) theo chương, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.